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當時傳出陳水扁的首要人選是聲望極高的中研院院長李遠哲，宋楚瑜則礙於投靠團隊的規模，要在選前亮牌恐有難度。國民黨方面，由於蕭萬長已表明，若能勝出，不會兼任閣揆，賣力輔選且為連戰器重的江丙坤，成為當時的熱門人選之一。
大選結果揭曉，國民黨黯然走入台下，陳水扁的首任閣揆卻是選了唐飛。江丙坤則轉進黨務，在連戰授意下，江丙坤負責重新規畫、籌備與擴大編組原連震東文教基金會捐助的「國家政策研究基金會」為國民黨智庫，並出任智庫副董事長兼執行長，積極廣納菁英，讓國民黨的復興有了「火種」，更成為2008年重返執政後的人才庫。
第一次與閣揆位置擦身而過後，江丙坤於2002年以國民黨不分區立委身分，當選立法院副院長。2003年出任國民黨副主席，成為智庫與國民黨團之間的橋梁。2005年，江丙坤以黨副主席身分「破冰之旅」，為「連胡會」探路，連戰隨後成功登陸，為1949年後第一位踏上中國大陸的國民黨最高領導人。
2004年總統大選，泛藍整合，國民黨「連宋配」勢在必得，但最終卻以0.22%的些微得票率落敗，江丙坤再度喪失組閣機會。由於當年總統與立委選舉是分開的，連戰在年底的立委選舉中，仍舊打出「閣揆牌」，喊出泛藍如果過半，將向扁推薦由江丙坤組閣，江丙坤也表達「義不容辭」的意願，但扁卻回應，連戰常常批評他是「假總統」，那麼江丙坤當閣揆的話，就是「假院長」。
事實上，阿扁總統第一任期的行政院長游錫堃，總統第二任期的行政院長謝長廷，都曾把腦筋動到了江丙坤身上，有意延攬江丙坤擔任副閣揆，但國民黨基於「黨進黨出」，藍綠談判破局；第二次機會，江丙坤意願已不高，當時身兼國民黨副主席的台北市長馬英九也表反對，他認為，內閣施政是整體的，個別泛藍人士入閣將使責任難分，唐飛就是一例，且對朝野和諧、安定政局意義不大，有時反而會與執政黨在政策意見上出現歧異。
2008年，政黨再次輪替，馬英九當選總統，選後黨內卻因閣揆人選陷入紛爭，馬英九屬意由東吳大學校長劉兆玄組閣，江丙坤的支持者為此大表不滿。江丙坤後來奉命接掌海基會，成了「閣揆級」的董事長，四年任內八次「江陳會」，成果豐碩，開啟了兩岸制度化協商，簽署了18項協議，其中包括兩岸經濟合作架構協議（ECFA），留下公職生涯最後耀眼的篇章
