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對於江丙坤來說，最無奈的時刻可能反而是卸任公職後，接任海基會董事長的時期，因為兩岸關係敏感，國民黨又頻頻被指違兩岸買辦，只要在台灣舉行江陳會，不僅媒體報導中出現質疑影射，連南投老家也會被抗議人士包圍。
江丙坤擔任海基會董事長總計四年四個月，往返兩岸76次、拜訪大陸城市達248處，接見1050個大陸及日本等外國團體，兩岸間共簽署18項協議。但正因為身負兩岸經貿談判重任，就有媒體直指江丙坤大兒子江俊德在中國大陸從事特許代理產業。
這也讓江丙坤曾說出，「媒體如果質疑我的政策都沒有問題，但對家人的不實詆毀，我很難接受。」而面對立委咄咄逼人的質詢，江丙坤一度氣到：「只要你能找到江家的投資，我全部都送給你。」然而多年過去，不管是對於江丙坤或是江俊德的質疑，仍舊只是質疑。
