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促轉會強調，促轉會是透過立法院通過所成立的獨立機關，所有委員人事都經行政院長提名、立法院通過；依司法院釋字第613號解釋，獨立機關設置主要目的是為「排除上級機關在層級式行政體制下所為，對具體個案決定之指揮與監督，使獨立機關有更多不受政治干擾，依專業自主決定之空間」。因此，採合議制的委員會受任期The 制保障，依法執行職務。若只因正副主委出缺，即主張全面改組，恐有誤解相關法律與解釋，停留在傳統領導思維之虞。
至於黃煌雄憂慮的空轉問題，促轉會強調，目前所有會務運作如常，絕無空轉。自揭牌以來，各項轉型正義工程都緊鑼密鼓進行中，無任何遲滯或中斷，階段性的工作規畫與成果報告也持續上網公開，供國會監督與社會大眾檢視。
促轉會指出，若貿然重組，而迎來時程未定的人事提名及審查作業，反而是真正的空轉，如此必將使持續凋零的政治受難者與家屬期望落空，這才是所有關心轉型正義的有志者所最不樂見之事。
促轉會認為，黃煌雄一文，其實反映部分對轉型正義感到憂懼者的類似迷思，讓促轉會深感轉型正義教育的重要性與迫切性，故有必要再次澄清，強調推動轉型正義並不等同於攻擊特定政黨的「打手」。轉型正義的重要任務是，反省威權時期統治者扭曲國家體制侵害人民基本權利的作為。國民黨為戒嚴時期的唯一執政黨，長期透過國家機器對台灣社會鎮壓與監控，為還原歷史真相，相關調查不得不以「威權時期的政府作為」為標的。
至於國民黨主張促轉會應徹底重組，才願意審查預算，促轉會回應，國民黨證明自己成功轉型的最佳方式，應是坦然通報政治檔案，並在國會理性監督行政機關，而非持續以污名、標籤方式，以議事杯葛為名，迴避轉型正義業務與議題的嚴肅討論。
促轉會認為，轉型正義工作需要相當細緻的規畫與行動，不該、也不可能以「取悅所有人」為目標。促轉會不會輕易停下腳步，也期待並歡迎社會大眾對該會具體工作成果檢驗與批評指教。
▲促進轉型正義委員會21日公布0912專案調查報告 （張天欽「東廠」事件）。（ 資料照 / 記者陳弘志攝）