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陳師孟說，是否有秋後算帳的事情，「難以從既存事證查明」也不會做出彈劾與糾正，調查報告提出4項疑點，希望人民了解全案來龍去脈，還侯寬仁公道。
陳師孟指出本案疑點之一，99年1月26日，法務部長王清峰部收到馬英九總統親批「一閱並說明」剪報後，法務部查究侯案的態度丕變。
疑點二，考績會原本對侯案決議「不予議處」，但檢察長提出復議、法務部要求再查明，還列出侯過往查案的內容，要求高檢署懲處，於是在99年3月5日至8月17日約5個半月間，考績會即召集5次會議，最後做出「發命令使之注意」處分，明顯逸出行政究責之常態。
疑點三，考績會做出「發命令使之注意」處分後，又被法務部檢察司及檢察官人事審議委員會層層修改，變成「申誡一次」，懲處較重，且由於無會議紀錄，與相關人員多「不復記憶」，難以得知懲度衡酌或調整的理由。
疑點四，馬英九於97年5月20日就職後，侯寬仁當年度考績即列乙等；99年間馬以陳長文讀者投書剪報，要求法務部長「一閱並說明」，侯當年度雖曾獲記一大功，年度考績卻再次乙等。
陳師孟指出，馬英九稱因為重視輿論，才會下條子給王清峰「一閱並說明」，然而投書者是陳長文，投書批評對象是曾起訴馬的檢察官，雖然不能因此就說（馬英九）批示不合法，但是「很多事情大家只能憑良心去看」。」（編輯：陸倩瑤）1071212
