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對此，行政院秘書長卓榮泰更痛批葉俊榮「完全棄行政倫理於不顧，令人遺憾」，將追究相關責任。總統府發言人林鶴明表示，府方對此案的一貫立場，就是「由教育部依照權責辦理」。不過也說賴昨天下午有向總統報告此事，總統尊重行政院對本案的態度。
政院發言人Kolas Yotaka則表示，行政院近期並未討論台大校長遴選爭議，直到葉俊榮昨天告訴賴清德，「即將做這些決定」。賴清德是在昨天下午一時五十八分，接到葉俊榮簡訊通知，賴清德也告訴葉俊榮，事關重大，希望葉俊榮審慎思考。但最後葉還是同意由管中閔出任台大校長，讓綠營人士有遭突襲之感。
卓榮泰強調，管案雖是教育部職權，但公務體系內，彼此應該更尊重。他代表行政院立場，感到「強烈遺憾」，未來除了要釐清原因，也必須追究責任。
