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為防阻非洲豬瘟疫情入侵，造成國內養豬及相關產業嚴重衝擊，行政院已提昇到國安層級召開中央動物災害緊急應變中心會議，賴清德院長也特別在12月20日來金門視察小三通檢疫通關作業，農委會代理主委陳吉仲也在防檢局杜文珍副局長、高雄分局傅學理分局長陪同下，特別前往金門動植物防疫所拜會，就金門對防範非洲豬瘟疫情之整備狀況進行了解。金門縣政府在此要呼籲鄉親，前往大陸地區切勿去參觀牧場，回國入境不得攜帶任何動物產品，以免遭受重罰。
防疫所指出，金門因104年5月發生牛隻A型口蹄疫，行政院農委會隨即公告禁止金門縣之偶蹄類動物與其屠體、內臟、生鮮及加工產品輸送至臺灣本島及其他離島。但104年5月15日經派員至金查核偶蹄類動物加工熟食肉類產品，７家業者牛、豬肉乾產品符合規範，可輸往臺灣，分別為良金、高坑、老農莊、喬安、洪師父、一來順、金佳旺等７家廠商所生產之牛、豬乾產品，符合規範仍可銷往臺灣。104年10月期間良金實業有限公司所生產之紅燒牛肉、清潡牛肉、麻辣牛三寶等３種牛肉調理包也依程序提出申請，經查核符合規範亦可輸銷臺灣。
在104年底完成全縣偶類動物之採樣監測，並經通過風險評估後，行政院農委員會105年2月17日公告修正管制要點，只要金門牧場飼養之豬及牛隻經過三個月監測，28天隔離檢疫檢測合格，偶蹄類動物生鮮肉品（頭、腳、內臟及骨頭除外），運入指定屠宰場屠宰分切後，由防疫所人員逐箱粘貼認證標章就可以銷往臺灣。如105年銷臺屠宰牛隻361頭，106年468頭，今年至12月26日止計565頭。目前金門已申請具有隔離檢疫牛場資格計13場。
另依據農委會防檢局106年01月20日函示，對於旅客攜帶經滷、燉、熬熟煮之偶蹄類動物（牛、羊、豬或鹿）肉類產品（滷豬脚、紅燒排骨等等）業經加熱處理，其產品傳播口蹄疫的風險極低，如符合「福建省金門縣偶蹄類及其產品禁止輸往臺灣本島及其他離島」公告第4點，業經連續30分鐘70℃以上，或連續3分鐘100℃以上加熱處理之規定，且旅客攜帶之數量有限又多為自家用，旅客向金門檢疫站申請檢查確認肉類確有熟煮後，即可同意其攜往臺灣或其他離島。
金門防疫所表示，有關動物或產品在國際間的輸運，必需依照其疫情狀況及通過風險評估等科學數據，並依世界動物衛生組織（OIE）之檢疫法典來執行，金門於今年５月間已取得OIE認定為施打口蹄疫疫苗非疫區，防疫所同時也已經向農委會提出評估本縣進入拔針停打疫苗之前置作業，並要求提送專家會議檢討放寬偶蹄類動物產品銷臺之檢查條件，提昇產品輸臺的競爭力。
