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消基會也質疑，司機員二線支援一線，駕駛經驗不足，無法明確診斷故障主因，更遑論修復，且調查報告避重就輕，該列車離開樹林調車場前，恐未進行過任何軟、硬體檢查、主風泵也未被發現、修復，且司機員發現即將操作一列有安全疑慮的列車時，也無權告知調度中心停駛。因此消基會痛批台鐵「制度殺人」不能被漠視。
消基會董事長雷立芬表示，此事件主風泵異常係因濾芯阻塞且無料可更換，造成空氣進不來，進而使壓力降低。而普悠瑪系列尚在保固期間，日本廠商卻不依契約約定提供備料，台鐵不積極的作為，應該要有人負責。
雷立芬也表示，司機員及調度員對於列車機械系統運作流程的專業知識不足，無法第一時間了解主風泵、動力及煞車之間的系統聯動關係，導致車輛異常後未能即時評估列車繼續行駛的安全性，調度員也未能對列車繼續行駛與否提出建議。
消基會秘書長吳榮達表示，台鐵局應儘速建立「安全即準時」的核心價值，並落實5項行車安全制度，讓司機員專心駕駛安全列車，還給消費者安全的運輸環境，作法包括：第一，所有車體比照航空器，在出庫前必須定期檢修，備足耗材和重要零件，並經過專人簽名負責；第二訂定司機員適合擔任駕駛之生理狀況、行車前酒測、藥物副作用等評估標準，以確保乘客第一時間的安全。
第三，駕駛及調度員對於列車機械系統運作流程的專業知識必須加強，必要時，行駛路段應配備專業檢修員，可以隨時維修故障列車；第四，萬一不幸發生連續性故障，應速建立司機員、調度員建議停駛或強制停車的準則。最後則是司機員行車資歷的考核與代班SOP：對於不同型號的列車均應設定駕駛時數的修習制度，不符合駕駛時數要求，均不能代班。
最後消基會表示，根據消保法51條規定，因企業經營者之故意所致之損害，消費者可請求三倍的懲罰性賠償金，呼籲台鐵應拿出最大的誠意，處理賠償責任，對罹難者、受傷乘客、未達到目的地之一般乘客以及罹難者家屬，在事發百日內提出一個讓亡者安靈，讓生者安心的賠償方案。
