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中研院稍早則發出三點聲明駁斥,表示吳茂昆並未對中研院施壓,研究人員聘任均按照相關規定與程序辦理,絕無遭受施壓或安插人事等情事。且根據中研院應用科學研究中心表示,並無吳茂昆將於二月一日調任一事,中研院查無此事。
對於吳孟真現職,中研院表示吳孟真現為物理所訪問學人,吳孟真無任何職位,僅進行不支薪的訪問研究。過去吳孟真與物理所同仁即有合作,此次趁其在臺期間,參與該所陳啟東研究員實驗室的討論、並提供意見,本案均依照相關規定辦理。