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柯文哲指出，「雖然公投結果，大部分的民眾對此議題不贊成，但是也不會去干擾另一部分的人舉辦遊行或活動。」台北市政府在2016年開始擴大舉辦開齋節，以及每一年的同志大遊行，就是台北市作爲東亞最自由的城市的一個例證。
柯文哲美東時間22日中午赴哈佛大學費正清研究中心與學者閉門會談，下午4時在麻省理工學院「張忠謀與張淑芬大樓」（Morris and Sophie Chang Building）以「從醫師到市長」為題發表演說，吸引了300名學生前往聆聽。
柯文哲在演說中提及台北市是全東亞最民主自由、多元開放的城市，柯文哲自曝在九合一大選綁公投中，同婚議題投反對票，他說，「我投票時投反對你，但我允許12.5萬人上街遊行」，指台北市是一個高度容忍的城市，但是他也指出，創新才是台灣唯一的出路。這番言論被認為他在去年九合一大選綁公投中，對同婚公投投下反對票。
柯文哲在2016年底接受廣播節目訪問時，曾坦言自己確實對「男男、女女接吻」感到不是很舒服，但他也說，「人家喜歡，干你屁事」。
