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檢方認為,尤姓司機員違反規定關閉ATP且超高速行駛;柳姓機務處副處長未將ATP遠端監視系統列入驗收程序,致台鐵局供應商日本車輛製造株式會社未將ATP遠端監視系統連接乾接點,致使系統未作動;吳姓綜調所長疏於驗收,對於ATP遠端監視系統建置後,也沒有注意所轄之該系統未作動。這些都是造成這次重大傷亡事故的原因。因此依涉犯108年5月29日修正公布之刑法第276條過失致人於死等罪嫌起訴。
至於台鐵局范姓、周姓及鹿姓前局長,檢方認為台鐵局依分層負責,三位前局長或因負行政責任,惟此應屬行政懲處範圍,與刑事責任無涉,因此都予以不起訴。另外,調度員及檢查員因無從得知司機員恣意關閉ATP,也無法預見他會於彎道超速行駛,且已盡力協助排除障礙,故難認有過失,因此也予以不起訴。而民眾告發前交通部長吳宏謀等人涉犯過失致死及公務員廢弛職務釀災,檢方以難認有因果關係不起訴;至於立約商是否涉及刑責,則另案偵查。