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公路總局說，蘇花改工程於規畫及施工中所做的環境監測，是依據行政院環境保護署所公告之「動物生態評估技術規範」及「開發行為環境影響評估作業準則」進行 2 年 16 次的生態調查，其調查範圍為路廊左右二側各 500 公尺。
公路總局另外委託特生中心執行包含動植物比較樣區，以台灣山羊、蝙蝠、猛禽等物種為研究標的計畫，故路廊範圍 500 公尺外的棲地屬可調查範圍（例如山羊、猛禽等活動領域較廣）；另外指標研究計畫自 100 年持續至 111 年，因蘇花改工程大多採用橋、隧構造，施工後環境復育良好，研究調查時間愈長，範圍愈廣，所得到的調查資料愈豐富，應屬於正常。
公路總局指出，委託的環境監測調查生態內容，與委託特生中心執行的研究計畫，皆以降低工程推動的生態影響為目標，相關成果運用於評估蘇花改工程所造成的生態影響，並藉以積極進行改善措施，即期望能夠降低蘇花改工程施工過程對當地生物多樣性的衝擊，並保有在未來完成後生態復育的潛力。
