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不過這股支持台灣獨立的勢力，卻在民進黨完全執政後，面臨現實與理想的拉鋸戰，總統蔡英文當選後，民進黨也進入前所未有的執政強盛期，但蔡英文放手推動的改革，卻因其過於執著的性格，讓包括軍公教年金改革、一例一休等改革事宜淪為遭人指責的惡行。
反彈聲浪不斷襲擊蔡英文的執政團隊，也造成去年1124民進黨地方縣市長選舉的慘敗。民進黨的慘敗讓獨派大老們十分憂心，而就在民進黨今年決心要為敗選洗新革面，重新站起迎戰2020大選之際，為敗選請辭的前行政院長賴清德，便成了這些獨派大老的新竉。
總統府資政吳澧培參加喜樂島聯盟「全民公投反併吞」活動。（圖／記者陳明安攝，2018.10.20）事實上，在1124民進黨慘敗後，包括辜寬敏、李遠哲、彭明敏、吳澧培等獨派大老便已集結商討2020總統大選事宜，他們不但在元月二日刋登報紙廣告，要求蔡英文放棄連任，吳澧培也曾勸進賴清德出來承擔台灣未來的責任。
不過當時賴清德並未接受，也避談此事，只說黨團必須團結；後來吳澧培南下看望病中的另一位獨派大老高俊明牧師時，順道造訪賴清德並提及此事，吳見賴並未反對，也觀察到賴已有準備之勢。
今年元月二日獨派四大老公開要求蔡英文放棄連任，算是獨派正式與蔡英文分道揚鑣，辜寬敏對蔡英文更是嚴詞批評，不過都讓賴清德給按捺住，賴清德在宣布參選後，曾告知辜寬敏不要再對蔡英文言詞批評，才讓這位獨派大老停止對蔡英文的抨擊。
▲圖為前中研院院長李遠哲肯定時代力量立委黃國昌問政表現。（圖／時代力量提供）賴清德決定出馬與蔡英文爭逐2020總統大選門票，讓獨派人士十分開心，但因黨內挺英勢力過去強大，強勢要修改初選辦法，引發獨派團體的不滿，在最後初選辦法通過的前二周，獨派團體號召網軍散步到黨中央，要給挺蔡人士施壓，雖然最後仍然通過蔡派版本，但遊戲規則既已定，便一體適用。
不過獨派也不放棄持續挺賴，在初選民調舉行的前一周，也動作頻頻，除了由李遠哲發起的力挺賴清德連署持續進行外，也喊話蔡英文應該放棄「一己之私、知所進退」，而包括北社、台灣社等獨派社團5日更公開表示，要對挺英立委進行割立委行動，力挺賴清德。
一直力挺賴清德的辜寬敏更語出驚人的說，蔡總統已經盡了所能，可以休息了，讓年輕的男孩子賴清德繼承，蔡總統變成台灣的國母，國家的母親，這樣不是很好？
高齡96歲的彭明敏參加喜樂島聯盟「全民公投反併吞」活動。（圖／記者陳明安攝，2018.10.20）台灣社社長張葉森也強調，希望蔡英文做一任就好，因為她的改革已經開始了，雖然沒有很成功，引起很大的反彈，但蔡已經做了，在歷史上也可以留下很好的名聲，若再下去人民沒有辦法接受認同，所以請她休息。
獨派動作不斷，最主要的原因是因為通過的初選辦法中，50%手機納入民調，以及韓國瑜、柯文哲納入對比式民調，被外界認為對蔡英文有利，本土社團不滿，要發起反輔選挺蔡立委，希望在獨派助攻下，扭轉初選民調的局勢。
不過挺英派人士也不甘示弱，發動挺英派年輕人站出來，並號召端午包粽，要年輕人反鄉後，呼籲長輩挺小英，隨著初選民調即將舉行，這場初選民調已成為世代的拉鋸戰。
台灣制憲基金會董事長辜寬敏。（圖／記者王鼎鈞攝,2019.1.23）