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陳冠至指出，困難梭狀桿菌造成的腹瀉，不僅易復發且嚴重者恐導致死亡，一旦經常規的治療無效時，可考慮以糞便微菌叢移植進行治癒，成功率可達8、9成；主要藉由移植健康者的糞便到患者腸道內，重建腸道微生物菌叢的多元性，讓腸道的黏膜回到健康狀態，但部份患者可能產生不規則的腸蠕動及脹氣、發燒、短暫便秘或腹瀉，大部分皆可用藥物達到緩解。
陳冠至表示，糞便捐贈者須符合5項條件，包括每天有正常大便排出、近3個月內無使用抗生素、臨床上無重大疾病（如糖尿病、癌症）、無常規使用會引起受贈者過敏的藥物，及需要通過血液與糞便檢驗證實沒有傳染疾病者之虞；未來糞便微菌叢的移植，還可能應用在發炎性腸道疾病、大腸激躁症、肥胖、新陳代謝症候群及巴金森氏症等疾病，有待進一步研究證實療效。
