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教育部訂定的大專校院防疫綱要包含，成立由校長擔任總指揮，副校長擔任召集人的防疫小組，分為健康追蹤單位、執行單位、資源單位及行政資源部門，因應學校疫情突發狀況。宣導正確訊息、出現流感症狀不上班上課，、備妥防疫物資、進行公共空間或經常使用的設備消毒，遵守室內通風及消毒作業原則等等。
潘文忠說明，在預先規劃停課、補課措施上，停課期程為14天，大專校院停課標準除經報教育部專案核准外，有1位師生被列為確診病例，該師生所授、修課程均停課；而2位以上師生列為確診病例，該校、區停課。同時視個案狀況妥善訂定安心就學措施，包含訂定降低修課學分數、規劃遠距教學、訂定補考或其他成績評定方式休退學及復學規定抵免認定及相關畢業資格替代方案等。
另外也要求學校規劃「隔離宿舍」及「安居宿舍」，無須居家隔離的師生，返家或入住安居宿舍。須進行居家隔離之師生，如果在台有親友依附可返家隔離，但如果是自行租屋或無親友依靠則要入住隔離宿舍。
教育部表示，今日函送防治工作綱要供學校防疫準備，也預訂於2月下旬進行學校實地訪視作業，逐項檢視學校防疫小組組織、確診處置規劃、環境清潔等項目，並以實地查核方式，指導各校教室等校園環境防疫規劃及物資整備工作。
