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對於近來外界關心的資安議題，內政部強調，將來數位身分證民眾可自由選擇是否要附加自然人憑證，若不附加，則無相關電子簽章功能，可免去部分民眾的疑慮。若選擇附加自然人憑證，日後也可隨時決定停（復）用，或廢止憑證功能。民眾如有需要，也可付費，再額外申請一張自然人憑證，有多種選擇，可供民眾自主來決定。
內政部指出，為確保資安，數位身分證採雙晶片備援機制，晶片均通過國際安全認證標準，並由台積電公司代工生產，其中主晶片6項功能中有5項為CC認證（Common Criteria），安全評估等級達EAL5+以上，達軍事機密等級，且要求至少要有千萬張的晶片卡須在台灣生產製造，透過國際廠商技術移轉，提升國內產業技術。
內政部指出，為使各界安心，將對外公開程式原始碼，但核心程式將交由行政院資安處指定團隊進行資安檢測。換證初期，也會選定部分縣市，進行小規模試行，並辦理賞金獵人競賽，開放民間測試，確保資安無虞後，再全面換證。
內政部強調，使用數位身分證，就只是將現行紙本身分證轉為卡式，並可選擇是否結合自然人憑證，相關使用紀錄只存在民眾所使用的機關，不會連回內政部或憑證管理中心，故無從掌握及監控數位足跡，請民眾放心。
▲內政部指出，為使各界安心，將對外公開數位身分證程式原始碼，但核心程式將交由行政院資安處指定團隊進行資安檢測。（圖／內政部提供, 2020.4.27）