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一開始，檀君作為民間傳說不被重視，知識份子們更偏好源自於古代中國周氏王朝的箕子。到中國明代朝鮮王朝都自詡為「小中華」，至清代初期，在滿清透過武力建立藩屬關係前，朝鮮王朝都認為自己是中華文化的傳人。
直到日本吞併朝鮮、獨立運動興起，檀君的地位才逐漸提升。至南北韓分裂，朝鮮民主主義人民共和國（北韓）因政治考量，將檀君推至更高的位置，強調金氏政權的「長白山血統」神化領導人。檀君在歷時長河中地位的起伏，可以說是反應了朝鮮半島人民的身份認同。
《三國遺事》記載，古時天神桓因（即佛教帝釋天）有一位庶子，名叫桓雄。桓雄可望下凡，多次請求後，桓因給了庶子三個「天府印」下凡「弘益人間」，並降生於「太白山」山頂一棵檀樹下。
在人間，有一熊一虎向桓雄請求將其變為人類，桓雄變賜予與牠們艾草、蒜頭，要求牠們吃下後在 100 天內避見陽光，就能夠變成人。後來老虎失敗了，而熊則變成一名女子，後桓雄假化成人，與熊女誕下一子，號「檀君王儉」。傳說中，中國堯即位 50 年時，檀君在平壤建都，國號「朝鮮」後遷都至白岳山阿斯達，在位 1500 年。
至周武王（約西元前 1046 年至前 1043 年）時期，周室冊封箕子於朝鮮，檀君因此歸隱於阿斯達山，死時 1908 歲成為山神。
根據史料，高麗時期，在知識階層「檀君」只是傳說，但卻有關民族起源，因此將其作為「遺事」寫進《三國遺事》中，當作高麗歷史學家金富軾著作的《三國史記》的補充，《三國史記》的年表開頭是「海東有國家久矣，自箕子受封於周室」可見高麗時期知識階層對起源的看法。
至朝鮮王朝，因與明朝保持宗藩關係，以朱子理學作為治國原則，源自中國的「箕子」更被重視。名儒權近（ 1352 年－1409 年）奉命出使覲見明太祖，被問及朝鮮開國歷史時以詩《始古開闢東夷主》回應：
聞說洪荒日，檀君降樹邊。位臨東國土，時在帝堯天。
傳世不知幾，歷年曾過千。後來箕子代，同是號朝鮮。
詩文顯示，朝鮮王朝知識份子也認同「檀君朝鮮」在中國堯舜時期開國，但應該是流傳不知多久的傳說。約千年後，周代大臣箕子建立的朝鮮則被認為是與史實相關。而桓雄下凡的地方「太白山」，在《三國遺事》中被記作是「妙香山」，至 18 世紀末，朝鮮王朝後期考據學家安鼎福則認為，太白山是今日中國東北的「長白山」；但強調，「箕子朝鮮」是韓國第一個王朝，檀君僅是補充。
近代檀君地位逐漸提升可追溯至 1910 年日本併吞大韓帝國，至 19 世紀末、20 世紀初，大批曾參與韓國獨立運動的學者，為了強化民族意識，在源自中國的「箕子」和神話人物「檀君」之間，後者除了帶有神聖感，也更符合民族始祖的意象，成為抗日獨立運動中的精神代表。
韓戰（ 1950 至 1953 年）後，南北韓分裂，檀君的信仰仍逐漸壯大，大韓民國（南韓）至 1960 年代才把檀君紀年改成西元；朝鮮民主主義人民共和國（北韓）的首都平攘，被認為是箕子建立的國都，1959 年，領導人金日成為了壓制勞動黨內的反對聲浪、剷除背後的中、蘇聯勢力，因此不斷加強對民族始祖「檀君」的崇拜。
1994 年 10 月 11 日，北韓宣稱找到了檀君的墳墓，並隆重舉行了檀君陵改建竣工儀式。據介紹，檀君陵的占地面積達 45 公頃，建造石材逾 7.2 萬塊。每年 10 月 3 日，在這裡隆重舉行開天節活動，北韓人士、旅外朝裔也會前來參加這個儀式。
