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國民黨立委馬文君批評日方衝撞我漁船不顧我漁民安危，船上掛著我國國旗還遭衝撞，根本是污辱我國，3月、6月時也發生過日本公務船衝撞我國漁船，外交部卻只會抗議，日方卻都沒有回應，應該要硬起來才是。馬文君質疑，事件發生後都沒看到駐日代表出面，現在國家的處置方式讓漁民覺得國家無法保護他們。
吳釗燮表示，保護漁民捕魚權利一直是外交部與其他政府單位努力方向，與日本達成漁業協議後，我國漁民捕魚量比以前增加許多。我們已經跟日方說明不能有不當的舉措，昨日的事件發生的原委，必須要釐清才能了解發生經過。
國民黨立委溫玉霞質詢時痛批，日本是不是挑軟柿子吃？覺得我國軟弱？駐日代表謝長廷一直沒出來表示，6月22日時還說日本對釣魚台有「事實管理權」，跟總統府強調的中華民國擁有釣魚台主權明顯矛盾。
吳釗燮回應表示，昨日海巡署立即派出「基隆艦」前往援救，所以我國並沒有軟弱，釣魚台「共同開發」是馬政府時代我國既定立場，漁業協定也是馬政府時簽署，過去4年多都沒有我國籍漁船被日方扣押，至於昨天到底發生什麼事？目前還在責任釐清階段。
