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不料，原本每年都會邀請元首出席的國家祈禱早餐會，卻因蔡總統這番挺同的言論，今年決議不邀請蔡總統出席。
台灣基督長老教會發出聲明指出，「第20屆國家祈禱早餐會」籌備會有部分委員對於蔡總統同志婚姻議題的立場與發言有所疑慮，10月27日召開線上臨時籌備會，討論後以多數表決建議蔡總統不必到場，並於10月28日在致總統信函中表示「委派另一位政府官員出席即可」。因此，總統府於10月29日回覆表示蔡總統不便參加本屆國家祈禱早餐會。
台灣基督長老教會表示， 本會自第20屆國家祈禱早餐會籌備會第一次會議以來即參與其中，但籌備會在正式邀請總統出席之後、於舉辦前夕僅為單一議題經多數決而建議總統不到場，已經不符合本會自2001年首屆國家祈禱早餐會參與至今的宗旨：「台灣眾教會共同為人民、政府、總統、國家、及世界和平所做的祈禱，求上帝使我們的國家能夠落實上帝所賜的公義、和平、慈愛，讓台灣成為一個信、望、愛的國家。」台灣基督長老教會不得不痛心的拒絕參加本屆國家祈禱早餐會。
台灣基督長老教會說，尤其，總統為國家元首，代表國家，歷屆國家祈禱早餐會皆邀請總統到場和致詞，表達眾教會對國家和元首的關懷，共同為國家元首祈禱，祈求上帝賜福我們的國家，這是舉辦國家祈禱早餐會的重要目的。很遺憾的，本屆建議總統不到場，已失去國家祈禱早餐會的實質意義。
台灣基督長老教會也說， 再者，「第20屆國家祈禱早餐會」以「愛無國界」為主題，因單一議題的立場差異，造成總統是否到場的疑慮，何以見證在基督裡「愛無國界」。
總統府發言人張惇涵表示，因考量不樂見籌辦團體為此爭紛，總統婉復出席，也不會另委派代表與會，但仍祝福活動圓滿順利。
張惇涵強調，《司法院釋字第748號解釋施行法》是基於大法官釋憲及公民投票結果，經由立法院通過的法律。誠如教宗方濟各日前所言：「同志有權組成家庭。他們是上帝的子民，有權建立家庭。沒有人應該為此被趕出去或是變得悲慘。」
張惇涵表示，今年國家祈禱早餐會以「愛無國界」為主題，而台灣能夠成為亞洲第一個婚姻平權合法化的國家，就是具體實踐了台灣是透過民主捍衛人權，同時展現台灣社會多元與包容價值的重要里程碑。
