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他說，在三權分立國家，權力跟權力之間有制衡關係，比如在內閣制，就行政權與立法權來看，行政權可以解散國會，立法權可監督行政院，可以倒閣；在總統制國家，雖然沒有倒閣及解散國會機制，但總統一旦選上，要組織內閣，內閣成員都需經過像是國會同意，即便現任美國總統川普要任用大法官，需經由川普提名後，再由國會同意才行。
較嚴重是年金改革，許有為說，當時立法院通過年金改革法案，考試院也有很多人反對，認為這是考試權的一部分，為何要把權力交給立法院決定，如果當時考試委員採取激烈抗議行動，並堅持立法院通過的法律不能適用公務員，最後只能走向釋憲，只是依照法理，大法官也會判立法院贏，因為國家的法律不可能出現好幾個法律系統。「若五權分配很好，可以互相督監制衡，那很好，問題是現在並不是這樣，五權之間的權力制衡關係並不完善！」許有為這麼說。
他表示，當初國父孫中山倡議五權憲法的想法很獨特，不信權力制衡這套，而是相信權力合作，某種程度來說，他希望用中國古代聖君概念，要選出好人聖人，可是從學憲法、政治學的角度來看，現在寧可相信整個體制，而不相信個人。
不過，「憲政體制要修改還需經過一段時間及完整方法」許有為這麼說。首先，就是要修憲或制憲，再來這體制運作這麼久了，會有點路徑依賴，若要修改，不可能馬上從原本向東，突然180度大轉彎改成向西，一定要慢慢調整，世界體制演變基本上都是這樣。
至於要怎麼改？許有為認為監察權應該併入立法權，考試權併入行政權，因為權力沒有廢除，所以應該是說「五權併成三權」。他進一步指出，基本上，監察權是立法權中很重要的一項權力，國外是將監察權設置在國會之下，因為這些國會議員是代表人民監督政府，而監督政府要有什麼武器？監察權就是立法權底下很重要的一項武器。
許有為強調，如果立委沒有監察權，就是削弱立委監督政府的力道，而監察權包括調查權，你不給立法院這些監察權，立法院就如同紙老虎，無法監督行政院，只能叫過來罵一罵，且現在我國立法院的調查權是給了監察院，從性質來講，監察權是從立法院出去的，因此監察權併入立法院是天經地義。
此外，在其他民主國家，基本上考試權都屬行政權。許有為說，當初把考試權、監察權分出來，「由三權變五權，本來就是很荒謬的過程」，考試權性質屬於行政權的一部分，但不可諱言考試與行政權又不是百分之百相同，就像監察權在立法權中，還是必須有某種程度的獨立性及中立性。
他舉例像國家考試，若由行政單位自己辦考試，就會被質疑是用人唯親或開後門，因此，在一般民主國家中，基本上三權分立，行政權中的考試權，會設置人事或考試委員會，有點像行政權中的獨立機關，我國現行體制也有獨立機關，比如國家運輸安全調查委員會（運安會），還是要維持一點獨立地位，但不代表就要從行政權獨立出去。
至於已獨立出去的監察權及考試權，要如何再收回來？許有為強調要有方法及步驟，並符合現行法律及憲法的規定，不是隨便囫圇吞棗就塞進去，以免引發權力分配問題，因此修憲或制憲前就要做好完整規畫及相關配套措施，並要做到可以整個打包帶走的程度。
以監察權來說，許有為說明，在世界各國的做法，通常是在國會底下設置獨立的人權監察室，以台灣人口規模來說，約可設置5至7人，有些國家是直接由國會議員組委員，並聘任調查員等相關人員，有些國家則是在立法權底下，成立小小立法權的獨立委員會，由立法院國會聘請外部專家，來當獨立的人權監察使。
至於考試權部分，大方向是回歸行政權。以目前考試院兩部一會來說，許有為覺得可以參考日本或是法國的做法，考試的部分可組成行政權下的獨立考選委員會。銓敘部則在回歸行政權之後，將人事總處併入其中，進一步更替為文官部。公務人員保障暨培訓委員會，保障這部分可設置文官法庭，培訓這部分可併入未來的文官部。
