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交通部檢送中央流行疫情指揮中心之《國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則》，於今年 3 月通過，修訂版亦於今年 9 月 7 日經指揮中心核備通過，並由交通部民航局於 9 月 9 日函告各航空公司，該原則規定航空公司須負責執行組員防疫健康管控措施。
交通部表示，身為航空業之中央目的事業主管機關，鑑於紐籍機師案導致本土病例再現，恐成防疫破口，甚至引發國人恐慌及社會紛擾，林佳龍經與交通部法規會、航政司、民航局討論後，指示對航空業者之管理疏失及究責從嚴認定，並責成交通部民航局盡速完成調查。
交通部今敲定，將以長榮航空未善盡《國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則》所訂之管理及執行責任為由，依《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》第 16 條之規定開罰。
關於航空業機組人員防疫措施加嚴，交通部則將優先要求航空公司確實執行現行防疫措施，並責成交通部民航局加強監督管理，同時研商進一步加嚴措施，盡速送指揮中心審核後實施。
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