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但監委質疑，中國對台灣參加國際組織的立場相當明確，就是必須接受九二共識、經兩岸協商，在一個中國原則下參與，根據種種跡象顯示，懷疑過去政府曾與中國有過秘密協商，且在主權問題上嚴重讓步。若真如此，就並非當初政府聲稱的外交突破，反而可能是對台灣主權的嚴重傷害。為此，外交及僑政委員會4位監委已經針對此案立案，調查當年台海協商所談的內容究竟有哪些，是否涉及否傷害國家主權。
此外，林文程也提到，WHO（世界衛生組織）秘書處曾在2005年跟中國衛生部簽署MOU（備忘錄），內容中提到，世衛舉辦的所有活動、會議，要邀請台灣的醫療專家或官員參與時，都要事先知會中國衛生部並取得同意，這項備忘錄對台灣的主權傷害非常大，希望外交部在這方面努力，尤其是2021年拜登上台後要重新加入WHO，希望台灣能透過美國、友好國家及友邦之力來取消這項備忘錄。
