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不過，國籍航空資深機師受訪時指出，依照目前公布接種優先順序，第一優先醫事人員，這完全沒話講，估計有33萬人，第二順位則是中央及地方政府防疫人員，包含機場CIQS人員，估計這族群約有14萬人，再來則維持社會必要人員及軍警人員等。但他覺得正常邏輯來講，國際線機組人員更容接觸到可能染疫的人，不是因自私想搶先，更不是不管別人死活，只是想讓大家知道機組人員面臨的風險也很高，尤其現在陷入不停的居家隔離及自主健康管理輪迴中，「是不是也要給我們相對應的保障」，列入優先施打對象，至少與第二優先的中央及地方防疫人員包括機場CIQS人員一樣。
他更以已開始施打疫苗的中國大陸為例，交通運輸人員都列首批接種對象，包括航空業的飛行員、空服員及大眾運輸工具人員，他也希望台灣也能把機組人員列入優先施打對象，「讓我們出去安心，社會大眾也安心」，而且根據他估算，中華航空、長榮航空及星宇航空，國際線機組人員估計加起來不到1萬人，基本上對優先排序沒有很大影響。
這名資深機師更替機組人員抱不平，「我們現在很可憐，處境很艱難，說什麼都不對，防疫最重要完全同意，絕大部分99.9%的人都很守規定」。他表示，紐籍機師成台灣防疫破口，導致守規矩的人都受影響，現在機組人員內心的憤怒，身心受到的壓力非常大，「只有關我們，該得到尊重及保護都沒有」，列入首批疫苗施打是大家共同心聲，並希望就國民角度，也能得到公平對待。
這名資深機師還指出，現在大家都很努力配合防疫，不能把這「老鼠屎」套在所有人身上，大家很怨這一點，「身心俱疲非常嚴重」，防疫很重要，飛安也很重要，有心理及身體健康的飛行員才有好的飛安，這點他們（指揮中心）真的必須思考這問題，已是滿嚴重要的。
對於機組人員未納入疫苗優先施打對象，指揮中心發言人莊人祥今日回應表示，有關機組員這塊要再確認是否為優先接種對象，另一個做法是自願付費施打，這兩個部分都可以討論，在有疫苗之前，這些議題都可再討論。
至於機組員抱怨檢疫加強版新措施，莊人祥則說指揮中心規定7天，但公司只用5天防疫假，一例一休的部分會請勞動部協助處理。另有關機組員自主健康管理期間探病問題，他則表示會請民航局收集目前機組員遇到的問題，指揮中心也會就問題做討論，看如何做更好的規畫處理。
長榮航空也回應，依指揮中心規範，空勤組員執行外站過夜長班返台後，需要進行7天居家檢疫，該期間公司除了給予5天防疫假外，另安排2天休假日,以符合勞基法規定。據了解，業界均採行類似作法。
此外，依2020年資料顯示，因為疫情導致航班減少，長榮航空空服員年休假日平均約200天， 飛行員平均的年休假日為136天,其中B777及B787機隊因貨運載貨需求高，平均年休假日分別為125天149天。
華航亦強調，主要是遵守指揮中心的嚴謹控管規定辦理，強化機組人員防疫安全，組員派遣與休時均符合相關法令規範。在疫情期間，華航持續因應防疫政策調整各項作業，並關懷機組人員身心狀況，由衷感謝機組員及所有執勤同仁堅守崗位的付出。
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