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內政部指出，內政部不僅是推行數位身分證的主管機關，也與民間團體一樣都是我國國民，對於數位身分證資安風險的重視程度絕對不亞於民間團體。面對資訊系統所伴隨著一定的風險，已採取許多措施以管控風險，相關規劃內容已置於內政部戶政司全球資訊網（https://www.ris.gov.tw）New eID資訊公開專區，且已修正發布「國民身分證及戶口名簿格式內容製發相片影像檔建置管理辦法」，明定卡面及晶片記載事項，同時亦有資安管控要求，可供外界查閱，並無民間團體所稱無具體資料之情形。
內政部表示，戶籍法第59條明定內政部可進行全面換證，並公告舊證失效，如依民間團體訴求「內政部不得作成國民身分證舊證失效日期之公告」，則對於不願換發數位身分證的民眾，其持有舊式身分證的有效期限將至少長達2、30年，勢必嚴重減損身分證上的相片識別功能，更可能徒增身分證遭偽、變造的風險。且將難以提供民眾更好防偽功能設計的身分證，以保障權益。
內政部強調，人民對政府各項政策有表達其看法的權利，此為民主自由國家的體現，內政部絕對尊重。關於數位身分證換發工作，會遵照行政院的指示，持續聆聽社會各界意見並進行溝通，消除外界疑慮後，再進行全面換發工作，對於期程及作法，會做謹慎的評估與規劃。
數位身分證原定今年7月換發，1月在新竹市進行試辦，但新竹市政府日前決定暫緩。對此，內政部次長花敬群上(12)月28 日在立院受訪重申，會持續與新竹市政府溝通，試辦的政策目前沒有改變。朝野立委則認為內政部與民間還是溝通不足、無法消除疑慮，才會讓政策不斷受阻。民間團體認為，試辦縣市一個個喊卡，就是因為可能有個資外洩疑慮。
