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後來，陳水扁卸任總統後，爆發貪污醜聞，扁家遭到特偵組偵辦，黃芳彥因涉嫌協助扁嫂洗錢，逃亡美國。特偵組在2009年3月18日以「特偵緝字第1號」發出通緝令，時效25年，通緝黃芳彥到2034年，而黃在媒體上也獲得「頭號通緝犯」之稱。
黃芳彥在美國加州居住至今已逾10年，一直逍遙法外。台美雖有司法互助協定，但並沒有正式外交關係，因此難將逃亡美國的通緝犯逮捕回台。
由於扁案爆發迄今已十餘年，黃芳彥也離開台灣多年，已逐漸被台灣政壇遺忘，但當他的死訊傳回台灣，昔日與黃有互動過的資深綠營幕僚依舊感到震驚。
一名陳水扁時代的綠營資深前幕僚接受《NOWnews今日新聞》採訪時形容，當年黃芳彥是一個「非常積極」的人，與扁家保持非常好的關係，而黃自己也步步高升，一路當到新光醫院的副院長。
該人士表示，扁家對待黃芳彥幾乎就像家人一樣，黃經常自由進出總統官邸吃東西、聊天，彼此互動很好，在扁家有很高的地位。然而，黃芳彥和扁嫂的私交比較好，常幫扁嫂做事情，而陳水扁對他則是以禮相待、比較客氣一點。
該人士指出，黃芳彥身為扁嫂的親信，最重要的角色，就是擔任扁嫂和外界人士的引介人。如果扁嫂想見什麼人，不方面自己出面，就由黃芳彥代為接觸聯繫；相反地，外界人士若想見扁嫂，也會第一個找上黃芳彥。
該人士說，雖然黃芳彥不是陳水扁的智囊幕僚，但深獲扁嫂的信賴，常為他人說項或提供建議，也有推薦人選的空間，在扁家可說是有很大的影響力。
但該人士也說，扁案爆發後，當初各界都認為扁家會被「抄家滅族」，所有有關聯的人都跑不掉。黃芳彥自覺被關的可能性很高，就偷偷逃到國外去了。這幾年來，大家已經很久沒有和他接觸，不料現在驚傳死訊，令人不勝唏噓。
