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中科院雄二E巡弋飛彈研發計畫始於1990年代，當時參考美國戰斧巡弋飛彈投入300億元研發，與天弓三型反艦飛彈、雄風三型反艦飛彈被中科列為「新三彈」。不過，相較於弓三與雄三飛彈，雄二E飛彈曾5次試射失敗，直到2004年9月原型彈才試射成功。媒體報導，雄二E飛彈首批最大射程600公里，2008年射程1200公里的增程型雄二E飛彈於屏東九鵬基地試射成功，增程型雄二E飛彈除射程提升外，還具備搭載集束炸彈能力，破壞力由「點」提升為「面」，具備更強大的殺傷力。增程型雄二E飛彈已交付部隊服役。
萬劍彈
由中科院研發「萬劍遙攻精準武器系統」，也就是俗稱的「萬劍彈」僅能掛載於空軍IDF經國號戰機上，萬劍彈最大射程約200公里，能夠經國號作戰半徑短的缺點，透過在敵方防空武器射程距離外發射，抵達目標上空後再散佈次彈頭，藉以達到癱瘓敵人機場等重要軍事、交通設施，功能與美軍的現役AGM-154聯合遙攻武器(JSOW)性能相同。台南空軍基地第一聯隊的43架經國戰機為首批改裝，能夠加掛萬劍彈的作戰聯隊。經國號戰機自澎湖機場掛載萬劍彈升空後，飛彈射程將可對中國大陸沿海重要軍事目標實施攻擊。
為了嚇阻共軍登陸進犯，中科院於1975年研發工蜂六型多管火箭，並於1980年代初期量產服役。但是礙於工蜂六型多管火箭無法快速裝填，因此中科院在1990年代參考美軍M270 MLRS（Multiple Launch Rocket System）多管火箭發射系統研發新一代多管火箭，並於1997年公開展示雷霆2000多管火箭。雷霆2000於2010年通過實彈測試、投入量產。2012年6月起，陸軍陸續接收雷霆2000多管火箭，2013年4月在澎湖舉行的「漢光29號演習」進行實彈驗證。
雷霆2000能夠發射高爆鋼珠彈、雙效子母彈，被視為嚇阻解放軍登陸的利器。2013年年中起就有雷霆2000部署於外島的消息，由於雷霆2000最大射程可達45公里，在靠近中國沿海的金門與馬祖地區部署更可攻擊中國大陸內陸目標。中科院目前正在研發射程射程200公里的雷霆2000火箭彈，終極目標是將射程延長至300公里。
由於雷霆2000的射程300公里火箭彈研發緩不濟急，因此美軍建議我國採購M142「海馬士多管火箭系統」（HIMARS）發射器。去（2020）年10月，美國川普政府宣布售台M142多管火箭系統，包括11個M142「海馬士多管火箭系統」（HIMARS）發射器、64枚M57陸軍戰術飛彈系統（ATACMS）、7輛M1152A1高機動性多功能輪式車輛（HMMWVs）、11支M240B通用機槍、17個國際野戰炮兵戰術數據系統（IFATDS）等，總額為4.361億美元。M142多管火箭系統最大射程300公里，從台灣西部發射能夠攻擊中國東南沿海集結敵軍部隊。
國造防禦潛艦
1982年福克蘭戰爭中，英軍潛艦擊沈阿根廷貝爾格拉諾將軍號，讓阿根廷海軍航艦「5月25日號」航艦戰鬥群嚇得不敢出港作戰。因此潛艦除了反封鎖外，也可視為攻擊性武器。我國為四面環海的海島國家，面對周遭國家的軍事威脅，水下戰力卻極為薄弱，僅有4艘傳統動力潛艦，其中2艘茄比級潛艦無法發射魚雷，僅具備訓練能力。經過我國多年爭取，美國小布希政府任內終於同意售台8艘傳統動力潛艦，但是由於美國早已沒有傳統動力潛艦生產線，其他國家又礙於中國壓力不敢售台潛艦，讓台灣外購新潛艦遲無下文。
由於我國未曾生產過潛艦，國防部原本仍堅持外購潛艦，對國造潛艦沒信心，經過一番掙扎與台船爭取後，海軍終於態度放軟，同意國艦國造。蔡英文政府上台後，2016年12月海軍與台船簽約，執行潛艦國造第一階段合約設計與裝備試研製作業，以493.6億元預算打造自製潛艦，經過立院3次秘密專案報告後，海軍選定去年11月24日動工建造原型艦，預計2024年下水，2025年展開海試，預計生產6到8艘2500噸至3000噸的傳統動力潛艦。
國造潛艦原型艦並未採用史特林發動機式絕氣推進系統（AIP），將採用國內廠商研製生產的高效能鋰電池。由於我國無造潛艦經驗，因此潛艦中的高機敏、我國無法自行製造、需尋求國外商源的所謂「紅區裝備」，包括魚雷、聲納等相關系統都需外國協助，海軍表示均已取得國外輸出許可。
