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有媒體問邱太三，現在兩岸僵局卡在九二共識，蔡總統想恢復對話，該如何開創新局？邱指出九二共識的內涵已經變質，陸方強調「一個中國」，讓台灣的空間變得非常小、民眾也無法接受，兩岸關係繼續拘泥而這四個字並無幫助，希望陸方能正視。
媒體追問，外界認為安排他當主委，是對陸方釋出善意，邱太三強調陸委會、總統府對對岸從來沒有惡意，推動的各項措施都希望兩岸進展，但政治議題敏感，兩岸過去累積的互信不夠，他上任後會透過學術、經濟、文化交流累積互信，以克服更高層次的政治問題。
日前邱太三接受專訪，指出上任後要修《營業秘密法》，他聯訪時強調，中國科技擴權，在全世界引起很多爭議，台商過去在大陸發展，也投入了許多資金、技術，想維護台灣利益，勢必要保護關鍵科技，至於如何處理會在會商相關部會、企業。
