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不過，在疫苗採購過程中，不少人認為流程不夠透明，引發質疑，國民黨立委甚至在立法院的臨時動議要求成立調閱小組。蘇貞昌指出，政府對疫苗的採購，有非常嚴謹的程序，相當多的醫衛、醫藥專家及法律的專家共同組成。現在各國都在搶疫苗，各個製造疫苗的廠商等，也都訂有保密的協定，這是在國際契約以及國際作為中、規範中很正常的現象。台灣既然受這個保密協定的約制，就應該要嚴謹地遵守。
蘇貞昌也說，在買到疫苗、完成作業後，自然會將整個所有相關文件向國人公布，且接受立法院的監督檢驗，但千萬不要在這個向國外爭取疫苗的緊要時刻，因為國內意見不同，或者黨派利益不同，違反了相關國際共同都遵守的規範，以致於買不到疫苗，無法保護國人健康，那就因小失大。
