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行政院表示，數位發展部也將統籌產業、政府、社會與國民生活數位轉型的基礎工程及環境整備，以及資通安全、資料治理、監理沙盒、人才培育與法制規範等業務，協助各機關落實數位治理。
制定新機關（含配套修正）組織法部分，《數位發展部組織法》草案及所屬資通安全署及行政法人國家資通安全研究院等組織法。另交通部、國家通訊傳播委員會、國家發展委員會等相關業務移至數位發展 部，配合修正三機關組織法之部分職掌。
科技部將更名「國家科學及技術委員會」並修正組織法，施能傑說，未來這個委員會主委會由政委兼任，由科技部主管。另配合修正所屬科學園區管理局組織法及「國家災害防救科技中心設置條例」之主管部會名稱。
國防部防衛後備動員署也會制定《國防部防衛後備動員署組織法》草案，並修正國防部及 參謀本部組織法等部分職掌。
