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鄭運鵬說，台鐵是國營事業，卻又不像中油、台電已經公司化經營，在中央政府是特例，「這樣的特例，讓這個體質很難搞」，大家可以想像，台電、中油這種單為長期的象牙塔文化，台鐵更是如此。
他指出，台鐵在各地分段分區管理，每個地方都可能變成山頭，雖然奉公守法的主管佔絕對多數，遇到不肖主管的就尾大不掉了，平常長袖善舞，出事找人關說，變成一個地方結構。這個時代的台鐵，很多營運項目、車站都是公共運輸需要，不可能賺錢，也不可能要求什麼營運績效，對於上述的不肖主管，這種環境等於如魚得水，擁有權力沒有壓力，如果不求升遷，一輩子在地做山大王到退休。
鄭運鵬提到，台鐵的營運環境不是捷運高鐵，路況千奇百怪，偏遠地區廠商本來就不好找了，鄉愿結構下的包商肆無忌憚，「反正和台鐵主管稱兄道弟，平常得過且過，出事部長、局長下台，大樹底下好乘涼，他們天高皇帝遠。」他認為就是事件的結構主因。
鄭運鵬說，也有可能這次是意外，廠商為了求工期縮短的利潤而鋌而走險。但是，台鐵工務負責人風頭上還沒有提高警覺？這麼粗線條的結構問題，整串公務員被連帶懲處是剛好而已。
他強調，台鐵的深層問題，不是部長下台就算了，應該有動搖鐵本的決心，整個掀開來攪動一番。台灣不是特例，英國、法國、日本都曾經因為公營鐵路系統而長期動搖執政過。
