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每年4到9月,天候狀況有利戰機執行任務,因此共機經常利用這段時間在海峽中線以西密集從事飛行訓練。為了縮短預警時間,保護台海空防安全,空軍天駒部隊1964年開始進駐澎湖,要求接獲升空命令後5分鐘內就必須起飛,天駒部隊戰機進駐澎湖馬公機場後,民用機場就變身軍民共用機場,軍機與民航機都必須協調跑道使用順序,以配合戰備任務。
天駒部隊早年操作F-5E老虎二式(Tiger II)戰機,在經國號戰機成軍後,改由經國號戰機接手天駒空防任務。每年4到9月,空軍都會派遣一個中隊的經國號戰機到澎湖執行「天駒任務」。澎湖「天駒任務」由台南一聯隊及台中三聯隊經國號戰機輪流進駐,每個聯隊分別執行3個月任務。