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緊急事態期間，日本政府根據《新型流感等對策特別措施法》，呼籲民眾除了前往醫療機關、購買食品、上班等維持生活必需的情況以外，避免外出活動；應該主動避免文化娛樂活動以及室內、室外的人口密集聚會；電影院、展場、百貨公司、旅館飯店、體育館等場所也被要求暫停營業。
當時幾乎全世界都在「封城」，日本單靠民眾「自肅」控制人流能不能真的遏制疫情，備受外界關注。從第一次緊急狀態前後的單日確診數分析，緊急狀態確實帶來顯著的效果，街上人潮大幅減少，疫情最嚴峻的東京都從4月10日單日新增199例，至5月15日已經降至單日新增9例，22日更降至3例。
從北海道率先發布緊急事態，到東京都獨自發布警報，凸顯了在第一波疫情日本中央與地方防疫的不協調，但疫情為何能夠成功趨緩呢？日本醫學院助理主任小池龍二認為，這需要歸功於日本人的習慣，包括肥胖率較低（研究認為肥胖會導致新冠肺炎重症、致死率較高）、人與人的距離，以及服從的心理。
2020年7月，東京都疫情仍無法降溫，單日新增確診突破360人，全境28都道府縣7月15日共新增450例，創下第一次緊急狀態解除後新高，日本進入第二波疫情。然而疫情方興未艾，日本政府卻在10月大舉推出刺激國內旅遊的（Go To Travel）振興方案，忽略輕症、無症狀感染者可能的感染力，導致疫情持續升溫。
但菅義偉政府考量到自肅防疫對經濟造成的衝擊，第二次緊急狀態範圍縮小至東京都、千葉縣、神奈川縣、埼玉縣等疫情較嚴重的地區，強烈要求餐飲業暫停營業的政策也改為建議提早在晚間8點前打烊。
第二次緊急狀態在3月21日正式解除，然而和第一次緊急狀態相比，每日新增確診例仍然破百。1個月後，日本迎來2021年黃金週假期，大量的出遊人潮勢必將造成另一波疫情。為準備迎接7月的東京奧運，菅義偉政府4月23日決定宣布第三次緊急狀態，期間為4月25日到5月11日（後延長至6月20日）。
目前雖然日本政府三度發布緊急狀態，但國民已開始對自肅感到疲憊，假日出遊的人潮逐漸增加，日本過去一週平均每日新增2500例，但大多為輕症患者，大眾對於疫情的警戒心明顯鬆懈；許多店家經歷一年疫情的洗禮，不得不出來討生活，導致緊急狀態的效果不如以往。
4月下旬天氣回暖，東京街道、淺草、銀座等地開始出現大量人潮，悶壞的年輕人興奮的和朋友同遊迪士尼樂園，表示「好不容易買到門票，雖然疫情很可怕，但還是希望能暫時忘掉疫情好好玩樂」。大阪鬧區也有許多民眾夜間逛街，有上班族說，從第一次緊急狀態開始，他就待在家中不出門，現在防疫限制放寬了，恐怕很難像以前一樣自肅。
至6月全國僅有8%的人口接種。原因不是因為日本買不到疫苗，早在2月日本就收到了2800萬劑輝瑞疫苗，今年5月日本又訂購了5000萬劑疫苗，加上莫德納疫苗，日本能夠取得近2億劑疫苗。但由於過去疫苗事故的經驗，日本疫苗索賠機制格外嚴謹，導致政府在擬定疫苗政策時過於謹慎，再加上醫護人力嚴重不足，導致接種速度慢得讓全世界跌破眼鏡。
然而，此次新冠肺炎疫情對日本來說是危機，也可能是個轉機。防疫對策的失誤和疫苗採購問題，讓日本政府正視國產疫苗的重要性。首相菅義偉6月1日在內閣會議上敲定將疫苗開發生產列為長期國家戰略，扶持國內疫苗開發供應、加快藥事審批。
※【NOWnews 今日新聞】提醒您：
因應新冠肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，國外入境後如有發燒、咳嗽等不適症狀，請撥打「1922」專線，或「0800-001922」，並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。
