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由於衛福部5月28日就與高端及聯亞簽訂了疫苗採購合約，6月10日高端解盲當天上午，也公布了衛福部核發EUA的標準，除引起社會關注衛福部此舉是「先射箭再畫靶」外，對於國產疫苗未進行驗證疫苗保護力的三期臨床試驗，國內也有不少學者專家表示不理解。
民眾黨立委高虹安6月11日質詢時，便曾質疑衛福部制定EUA的標準，並強調疫苗保護力對國人的重要性。近日，又傳出衛福部在國產疫苗中獨厚高端，並無視曾提出「圈選接種」方式，替代在台未能進行第三期臨床試驗的聯亞。
所謂的「圈選接種」，是透過新冠肺炎確診者「接觸者名單」，徵求自願受試者，透過自願接受疫苗接種試驗，來驗證聯亞疫苗在實際接觸新冠病毒的情況下，能夠提供多少的保護力。但聯亞營運長彭文君6月3日出席國民黨智庫舉辦的座談會中，證實衛福部否決了「圈選接種」方案，因此該公司將會在印度進行後續的三期臨床試驗。
對此，衛福部也於16日發出新聞稿表示，聯亞公司提出「圈選接種（Ring Vaccination）」的國內第三期臨床試驗規劃，食藥署及醫藥品查驗中心亦於諮詢週會給予相關建議，例如：如何選擇指標個案、樣本數估算、施打及追蹤時程、施打劑數之合理性等，供廠商進行相關評估，但截至目前食藥署仍未收到聯亞生技後續規劃及申請。
簡單來說，以目前的狀況來看，國產新冠疫苗將不會在國內進行三期臨床試驗，或者是相關的替代試驗。因此，在衛福部核發EUA後，國產疫苗開放施打，便成為必然的結果。
值得一提的是，王長怡曾提到，她對於聯亞新冠疫苗對抗病毒變異株的保護力有信心，因此，不管是目前正受到Alpha變異株攻擊的台灣，或是Delta變異株肆虐的印度，都成為聯亞有興趣進行三期臨床試驗的絕佳地點。如果聯亞新冠疫苗在印度的試驗，能夠交出漂亮的成績單，都能讓國產疫苗在國際認證上露出曙光。
