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指揮中心7月1日起，針對國籍航空長程航班機組員，規定返台後，尚未完成2劑疫苗接種者在居家檢疫期滿時，完成2劑疫苗接種者在自主健康管理期滿時，須接受一次PCR檢測。
21日起，只要是長程航班返台，機組員在入境時，就要先進行PCR採檢，即使已完成2劑疫苗接種者，也要實施加強版自主健康管理，也就是禁止搭公共運輸、禁止出入人數眾多不易維持社交距離且會近距離接觸不特定人士的場所。
另外，自7月1日起，國籍航空派飛指揮中心認定的重點高風險國家航線，返台一律居家檢疫14天，但可選擇在防疫旅館、防疫宿舍或住家。在21日起，相關的防疫措施加強，機組員派飛重點高風險國家航線返台，居家檢疫地點只能選防疫旅館或防疫宿舍，不能選住家。
目前，指揮中心認定的「重點高風險國家」，包括：巴西（Gamma巴西變異株）、印度、英國、秘魯、以色列、印尼、孟加拉、緬甸（Delta印度變異株），共8國。
