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由於我國從未建造潛艦，因此引發諸多質疑，除了潛艦所需軍用鋼材與水面艦不同，需能承受水壓擠壓，所以必須經過國際認證，而台船僅有建造水面艦經驗，欠缺足夠、合格的潛艦焊接工，這些都是台船受質疑之處。台船解決之道是引進外國技師，由他們傳授能力。
搞定外部鋼材與設計圖後，另一個問題是潛艦紅區設備的取得。潛艦設備分為紅、黃、綠區，其中紅區是指無能力自製的裝備，包括戰鬥系統與潛望鏡等，好不容易到了2021年第一季美國政府才批准輸出紅區裝備。
解決了潛艦的硬體問題，卻又碰上疫情攪局與黃曙光屆齡退役。黃曙光在2016年6月1日接任海軍司令，儘管上任後經歷雄三飛彈誤射事件、慶富獵雷艦案，重創海軍形象，但也不減損蔡英文對黃曙光的重用，交付他推動潛艦國造重責大任。
由於政府將潛艦國造列為高度軍事機密，除黃曙光與少數海軍高層外，就連審查預算的立法委員也不知道完整細節，因此當黃曙光要屆齡退休時，引發各界關心潛艦國造是否能繼續順利推動。傳出總統府原本研議延長黃曙光參謀總長任期，但遭他拒絕，仍堅持按規定屆齡退休。轉進國安會後，諮詢委員待遇等同於部長，國防部與海巡署等政府部會建軍計畫也必須送交國安會審查同意，所以黃曙光轉任國安會諮委，等於是從軍職轉為文職，繼續緊盯潛艦建造進度。
另一方面，國安會秘書長顧立雄缺乏軍事與外交背景，副秘書長為陳文政與徐斯儉，陳雖然曾為淡江大學戰略所副教授，操刀民進黨國防政策，但沒有軍事背景，徐則為外交體系出身。蔡政府2月份國安高層異動，嚴德發由國防部長轉任國安會諮委，嚴為陸軍裝甲兵科出身，再搭配海軍出來的黃曙光，能夠協助民進黨政府監軍、推動建軍計畫，絕非酬庸。
