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屏東縣枋山鄉一名白牌車司機在6月18日確診，隨後縣府確認該白牌車司機感染全台首例Delta變種病毒，隨即進行擴大疫調，在匡列接觸者中，一路追查到6月6日從秘魯返台，進行居家檢疫的祖孫為感染源頭。
面對這波Delta病毒，屏東縣政府從6月24日開始，設立前進指揮所，啟動枋山專案，並將楓港及善餘2村準4級警戒，並進行2000多名村民全面施打疫苗，擴大進行篩檢後，共篩檢1萬4163居民，所幸PCR採檢結果全數陰性。
不過，屏東縣府還未能多喘口氣，6月29日又在枋寮鄉發現一名72歲果農確診為Delta病毒，眾人皆不解為何在枋山的Delta病毒會傳染到枋寮鄉，結果發現，果農妻與確診的秘魯嬤鄰居，在6月16日在枋寮醫院在時間與空間上有高度重疊，且枋山群聚案中，有6人曾到枋寮醫院就醫。
因此，縣府再進行枋寮專案，設3處篩檢站，枋寮醫院關閉清消做環境檢測，希望能力挽狂瀾，共擴大匡列600多人，全數入住集中檢疫所採檢並隔離，最後PCR全都陰性。
整起屏東Delta案，陸續確認17人受到感染，其中枋山有15人、枋寮有2人，全部匡列需居家檢疫者，在7月11日全數解隔離，8月3日剩餘感染者全數出院，完成清零。不幸的是，枋寮果農妻7月21日不幸死亡，成為全台首例因Delta病毒而死亡的確診者。
機師突破性感染Delta 110萬則警示簡訊民眾人心慌慌
8月29日發現有一名接種2劑疫苗的國籍機師突破性感染，隨後再新增2例機師施打2劑疫苗後確診，其中一名機師的小孩也感染，最後基因定序確認3名機師與機師兒皆為Delta變種病毒。
該機師兒就讀桃園某高中，在該生確診時，指揮中心因為尚未確認病毒基因定序是否為Delta，不過嚴重懷疑其可能性，因此該機師兒同班同學、跨班上課的同學要集中檢疫14天，還有當天曾進入個案使用後的教室使用者也要居隔14天，且過去不須檢疫的同班同學同住家人也要預防性集中檢疫，共約500多人集中檢疫。
讓開學不到3天的校園，面臨全校停課14天，預計17日恢復上課，全校2152名師生皆需進行PCR篩檢，所幸皆為陰性。回溯3名機師的足跡，指揮中心發現，該3人都曾居住芝加哥的檢疫站，不排除在外站被感染的可能性。
至於在台灣的足跡，其中有2名機師有跨縣市移動，足跡範圍涵蓋桃園、新竹、苗栗、高雄等地，由於足跡範圍廣，指揮中心針對8月13日至9月2日期間曾與機師及家人群聚事件確診者活動軌跡重疊，發送110萬則警示簡訊，比起先前台北萬華區爆發大規模感染時，發送的60萬則簡訊還多。
不僅如此，其中一名確診機師8月26日自芝加哥返回台北後，於7天的加強版自主健康管理期間與朋友餐敘，並在8月30日執勤台北-布里斯本勤務前，未確實填寫健康聲明書，違反防疫相關規範，長榮航空召開紀律評議委員會，決定將這名違規機師開除處分。
由於此事件爆發，桃園市政府宣布實施加強版二級警戒，指揮中心更宣布提前實施的強化版返台防檢疫措施，在有入境第三地的長程航班部分，未接種疫苗者，必須進行7天居家檢疫加7天加強自主健康管理，並於第7天、第10天、第14天執行PCR採檢；而有完整接種疫苗者，則是5天居家檢疫加9天加強自主健康管理，並於第5天、第9天、第14天執行PCR採檢。
陳時中10日表示，機師案「可以算是控制住了」，由於2位機師密切接觸者二採197人，且全部都是陰性，至於機師兒集中隔離的接觸者二採情況，已採227人，也全部都是陰性。「未來是否就沒有個案，要看集中檢疫隔離的情況，但基本上都已匡列隔離，就算有零星個案，還是在整體控制範圍內。」
幼兒園群聚案高達25人確診 感染源難釐清
上一波機師染疫案，已經讓家長人心慌慌，隨後指揮中心又在9月4日公布板橋一間幼兒園老師與其丈夫雙雙確診，新北市府隨即宣布停課14天，不過，指揮中心6日又一口氣公布有8名幼童染疫、還有1名家長染疫，已形成群聚案，後來基因定序也確認為Delta變種病毒。
新北市府更在6日晚間緊急宣布，全市升級「強化二級警戒」，同時也針對相關學童與家庭都在進行疫調，查出1名確診幼兒的家長日前自埃及返國，集中檢疫期間PCR都是陰性，8日再爆出台大醫院的麻醉師與與幼兒園埃及返台家屬住同社區，指揮中心證實社區大樓內共有6人確診，形成另外一波群聚，新北市府緊急進行社區清空作業，同時預防性清空板橋某國小。
隨後板橋社區大樓再爆出1名裝修工人確診，與其同住在台北的太太也染疫，此外與埃及家長相關的親屬，也新增2名染疫，截至9日為止，幼兒園相關群聚案，加上社區大樓共累計有27人確診，10日沒有再加增確診個案。
針對這波群聚的感染源，各界眾說紛紜，最早指標個案為幼兒園老師，隨後發現有埃及返台的家長，也被認為是突破口，不過裝修工人該染時間判定在9月1日，遠早於幼兒園老師與埃及家長，因此也有人認為是從裝修工為源頭開始擴散。
不過，中央流行疫情指揮中心醫療應變小組副院長羅一鈞今天表示，裝修工人的發病日9月1日，晚於同棟社區大樓的埃及家庭，目前要說他是感染源，還不夠證據，當務之急應該是定序瞭解裝修工人與其家人是否Delta，與整起群聚是否相同，基本上還是等更多檢查結果出來才能判定。
台灣面臨三波Delta變種病毒 恐有潛藏感染源？
指揮中心指出，幼兒園確診案例的Delta病毒，與過去曾發生的機師案、屏東枋山案全都不同，屬於全新序列，外界不少聲音都直言台灣恐有潛在的社區感染源。針對裝修工人與社區大樓群聚案關聯尚未釐清，且根據指揮中心透露，裝修工人僅進入該社區僅2分鐘，因此被感染，或是成為感染源都備受各界質疑。
有專家認為，目前不能完全排除裝修工人是在社區受到感染，因為某些封閉空間，像是電梯等都有可能，只要狹窄不太通風空間，儘管時間短暫，都有可能被感染，不能排除「雙北地區有其他感染源」，可能是年輕族群，沒有症狀但是有傳染力，研判應該有潛藏感染源，因此鼓勵大家出來篩檢，盡量找出感染者這是對的，因為「現在Delta病毒已經進到社區了」。
臺大公共衛生學院教授陳秀熙則認為，幼兒園群聚感染Delta株，就有可能是其中一名確診者接觸過國外回來的人而感染，之後才傳播給其餘幼兒和老師的家屬，可利用傳染鏈發生的時序性和感染者Ct值判斷感染源。
面對Delta恐已入侵到社區，中研院生物醫學科學研究所兼任研究員何美鄉也建議，台灣應全面「重返三級警戒」，停止大量人流的群聚及移動，並讓50歲以上民眾盡快接種第二劑疫苗，開放第一劑接種AZ的長者第二劑混打BNT。
台灣大學公共衛生學院教授詹長權也說，因應Delta變種病毒，接種策略應調整，建議第一、第二劑應同步施打，以降低染上Delta病毒的新冠患者重症風險。
