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太魯閣事故發生後，行政院要求台鐵全面檢討鐵路沿線周邊施工場所工地管理、施工計畫風險評估與建置邊坡自動監測系統，且要求當時進行中的204件臨軌工程全面停工，加強12項工安檢查。
對此，台鐵回應，目前已頒布臨軌工程施工安全管制規定，針對施工安全計畫、門禁管制人員列冊、安全教育訓練、圍籬或警示帶、行車安全檢查、車輛指揮人員、防護設施等相關施工安全管制到位。
而鐵道局副局長溫代欣也證實，目前203件工程案均已檢核通過且宣布復工，欠缺的1案就是太魯閣事故的發生地點51K，由於目前仍未有包商承包，因此屬於未動工工程，其他203件均已完工，沒有施工中項目。
車輛入侵風險路段仍有38處 台鐵局：已提報計畫
針對如太魯閣事故有異物入侵軌道方面，台鐵則指出，已於「鐵路行車安全改善六年計畫」辦理圍籬及圍欄新設工程共計180.5公里，目前已完成180.2公里，預計於年底全數完成。而為強化行車安全，盤點異物入侵風險處所共64處，其中針對26處落石、土石流等潛在危險處所，建立落石告警系統，針對38處公路車輛入侵風險路段，設置實體阻隔及告警系統。
台鐵表示，落石告警系統9月份已完成北迴線2處，預計12月完成南迴線9處，明（2022）年全部完成。另38處公路車輛入侵路段，辦理「車輛入侵阻隔設施及告警系統建設計畫」，已於9月30日陳報計畫，並籌措經費辦理中。
對於台鐵的改善與相關應變，溫代欣強調，依據鐵路法此次修法內容，鐵道局可針對台鐵的路線養護、行車運轉、行車人員技能體格、事故調查等進行監督，與以前沒有法源不同，「因此台鐵也了解，未來都會是鐵道局進行監督，溝通管理上都滿順利的。」
運安處防災科科長簡信立受訪說明，未來預計在每一季於台東、花蓮、台北站均召開安全改革說明會，下一次就在27日，讓傷者、家屬和我們一起與會，提供台鐵改善建議，同時了解改革進度。
不過對於有這樣的監理機制後，是否一勞永逸？淡大運管系教授張勝雄公開反對：「鐵道局與台鐵局的業務互相有衝突」，有時鐵道局的工程規劃會影響到台鐵的營運效率，鐵道局會為了自己的需要，影響台鐵營運甚至增加營運成本。他質疑，雙方互為平行單位，未來如果發生重大事故，「到底誰要負責？這樣的修法很匪夷所思，鐵道局應該裁撤掉，因為督導台鐵本來就是交通部的事情。」
而對於台鐵的常連虧損與弊端，張勝雄建議，公司化可能是較可行的作法，「但也不是改個牌就好！」應仔細的評估資產、負債，進行業務拆分，現行修法只是放寬更多限制，「對於罹患重症的台鐵，不是應該叫他多多運動，而是應減少台鐵的負擔並檢視體質。」
張勝雄強調，不擅長的業務必須要切割，例如土地開發，台鐵其實沒有這方面的人才、薪資結構也無法聘僱這樣的人才，「台鐵應把專業回歸到運輸業務，把這件事情做到好，再談其他的事情，不應捨本逐末。」
