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不過經濟部認為，目前三接外推方案是政府歷經許多指教與評估才改善推出，已完全避開潮間帶藻礁，對海下礁石影響也極為微小，「但顯然特定環團對台北港的相關影響，卻沒有同等的關懷。」
經濟部說明，台北港方案需要耗時11年，也要面對新北市政府出具公文反對、在地民代明確反對，尚未做接收站的環境影響評估，尚未考量拉管線數十公里對海洋與岸邊藻礁影響等困難。「不應紙上畫路線，或是斷章取義引用施工時間，就武斷認定方案可行與需時多久。」經濟部喊話環團，相較於在大潭的高標準，到台北港又變成什麼都可以，這類的浮動式環保標準，沒辦法適用在政府推動建設上。
經濟部解釋，台北港既有港區土地已飽和，是高度繁忙的港口，經濟部政務次長曾文生曾於2018年赴台北港現勘，當時港務公司就曾說明，天然氣接收站若建設在台北港的船隻出入口邊，離航道太近，不符合安全距離的要求，可能造成天然氣卸收工作與既有航線的衝突，可行性不高，仍要經過專業的商港航安評估，無法武斷推定可行。
在生態保育上，經濟部強調，現行三接外推方案，已完全避開岸邊的潮間帶藻礁，同時透過外推讓港區成為開放海域，不會造成突提效應，已經最大程度保護藻礁，且考量2.5年後2025年要供氣發電的北部電力需求，是現階段最能兼顧供電穩定、減碳降空污、藻礁保護的三贏方案。
經濟部更直言，已多次澄清三接不會蓋在藻礁上，「潘先生又再次說三接會蓋在國寶地景上，實在令人無奈」，更指潘忠政經常帶人參觀藻礁生態，護礁盟也安排藝術家在藻礁沿岸進行身體藝術演出，「在三接施工進度已至三分之一的此時，應該最了解三接沒有蓋在藻礁上的事實。」
