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蕭代基舉例，福隆北邊曾為了興建小漁港，往外蓋了防波提，造成海流漂砂的方向改變，結果南邊的沙灘消失，反而讓漁港淤積。
而對於藻礁本身，蕭代基強調，生態系是一個系統，牽涉到生物、無生物和環境的關係，任何一個小小的生物都有他的重要性，如果少了一個，可能一連串很多的生物就都會受影響，甚至消失，如果為了經濟發展我們要犧牲某一個天然資源，也要去找一個最不重要的，但藻礁是台灣唯一。
中華經濟研究院研究員王京明也受訪說明，天然氣接收站的功用為接應由液化天然氣載運船（LNG）卸載天然氣使用，「整個運送過程，萬一出事了，那機率很高的啊，碰到颱風、強風、地震，那對藻礁都是一個不可回復的災害。」
就算意外不發生，興建過程對生態環境的擾亂也很難恢復。王京明說，「你不管三接怎麼移，就是在藻礁那個地方，只是移到它家的左邊還是右邊，如果這邊不適合你蓋的話，我們台灣有很多別的地方都很適合蓋。」
王京明指出，從社會成本來看，7千年生態藻礁、鄰近海岸線的濕地，都具有固炭的功能，是天然的負排碳機制，「上天的禮物你不愛惜，你把它毀掉，然後你要去開發天然氣CCS（碳捕存，Carbon capture and storage）。」為了兩三個機組，不到3GW的發電能力，就要將這樣的生態系統破壞掉，非常不明智。
三接方案遷址未通過，中央表示，目前的外推方案僅直接傷害0.4公頃的藻礁，和國民黨當年通過200多頃全數剷除的方案相比，已是對環境傷害最小的方式，不過這樣的大型工程對於海岸生態影響到底有多大？恐怕只能用時間證明。
