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針對公投結果，農委會透過聲明表示，感謝國人凝聚共識、對政府政策表達支持，透過公投的過程，提供政府更多說明政策目標及內容的機會，也感謝各界的廣泛溝通及理性討論。
「公投結果顯示國人願意遵守國際規範，積極以共同的標準參與國際市場。」農委會指出，我國自今（2021）年1月1日起，已要求豬肉及其製品應全面標示來源，國產豬肉從飼養、屠宰、加工各階段亦皆層層把關，並且不使用萊劑以建立市場區隔，強調政府會更努力做好食品安全把關，台灣邁向國際市場目標不變。
農委會也感謝台灣養豬產業的農民及上中下游團體，在政府、豬農與上下游業者的合作努力下，不僅成功防堵非洲豬瘟，並將23年來的口蹄疫順利拔針，2020年我國豬肉外銷5389公噸，較2019年成長97%。
農委會承諾持續穩建推動國內養豬產業全面轉型及升級，編列128億養豬產業基金，包括穩定產銷保障豬農收益、多元整合行銷國產豬肉等8大工作項目，「我們會具體落實這些工作。」
「台灣養豬產業正值脫胎換骨的關鍵時刻」，農委會說明，站在照顧豬農及確保國人食品安全政策目標下，與國內養豬農民站在一起，努力為國人提供更高品質的豬肉及其製品。
