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隨著新冠疫情蔓延，旅宿業陷入寒冬，越來越多旅宿業者紛紛配合政府，投入防疫旅館體系，一般旅宿業者若想轉為防疫旅館，需經過基本資料調查、書審、現場會勘、全體人員施打疫苗等程序後，才可上線運作，政府也應定期、不定期進行查核。
然而防疫旅館仍然出現漏洞，今年4月，因華航印尼籍機師在澳洲被檢出確診，回溯追查發現，桃園諾富特飯店違規同時收住一般旅客與檢疫機組員，導致飯店內爆發群聚感染，造成防疫破口，觀光局與桃園市政府針對諾富特飯店違規重罰。
歷經清零專案後，諾富特飯店於6月上旬重啟，指揮中心也調整機組員防疫管理措施，外籍機組員防疫旅宿以1家為原則，國籍機組員防疫旅宿則由民航局規劃，交由諾富特飯店負責，並落實各項防疫作業。
不過本月桃園桃花園防疫旅館又爆出群聚感染，有境外移入個案在解除隔離返家後確診，曾住過的防疫旅館內也有其他檢疫者先後確診，經疫調後改列本土個案；台北某檢疫旅館也有2人交互感染，其中1人判定是遭傳染，也改列本土個案。
對此，指揮中心啟動強化防疫作為，全面查核防疫旅宿通風空調運作情形，並由感染管制、公共衛生、空調等領域專家組成查核團隊訪視檢疫旅館並進行輔導，並加強監測與症狀通報。
接續農曆春節到來，返台旅客增加，加上國內疫情趨於穩定，國旅爆發，防疫旅宿供不應求，指揮中心也提供三個方案讓檢疫民眾選擇，民眾可在防疫旅館完成14日檢疫期後，進行7日自主健康管理，或是入住防疫旅館10日後，進行4日居家檢疫與7日自主健康管理，也可選擇在防疫旅館檢疫7日後，再進行7日居家檢疫與7日自主健康管理。
截自本月14日，交通部表示，防疫旅館及集中檢疫所預計可供應4.5萬房次，回顧過去交通部觀光局提供防疫旅宿業者獎助，自2020年4月1日至6月30日，每房每日補助1000元，2020年7月1日至9月30日，每房每日補助提升至1200元，2020年10月1日至今年5月15日，每房每日補助降至800元，自5月16日至今，現中央提供旅宿業者每房每日1000元補助，若入住者採七加七方案，每房每日補助更提升至1500元，希望藉此鼓勵業者持續投入防疫旅館體系，不過是否能留住業者的心，持續運營防疫旅宿，因應未來檢疫量能，還有待後續觀察。
※【NOWnews 今日新聞】提醒您：
因應新冠肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，國外入境後如有發燒、咳嗽等不適症狀，請撥打「1922」專線，或「0800-001922」，並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。
