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不過，外界也質疑依據過去歷史，部分大型信合社在國民黨政府代便挾其政商地位，以不平等的經營方式快速累積營業規模，演變至今，更恃其規模優勢，以削價競爭的手段，來達到爭搶客戶，與同業競爭的目的，也持續壓縮小型信合社的生存空間，主管機關應予以正視現實存在的問題，積極輔導大型信合社改制為商業銀行，以回歸信合社服務地方、平衡區域金融的本旨。
對於外界的質疑，金管會銀行局長莊琇媛則強調，信合社是否改制，這是他們自己的經營決策，並沒有要求到達一定規模，就要改制為商銀，但她坦言，相對商銀來說，現在信合社總體資產規模確實較小，只有8千億元左右，加上信合社是人合組織，與一般以營利為目的的商銀設立宗旨不同，要不要改制商銀，這是他們的經營策略，不會強制要求。
此外，也有人質疑信合社規模大小不一，其規模大者，因無須繳營業稅，而獲得較已改制的為商銀的原信合社更優渥的競爭條件，這是否合理？對此，莊琇媛說信合社並不是不用繳營業稅。根據「加值型及非加值型營業稅法」第8條第1項第10款「合作社依法經營銷售與社員的貨物或勞務及政府委託其代辦之業務」才免徵營業稅，也就是說，只有對社員放款的利息收入才能免營業稅，若資金來自非社員仍要繳營業稅。
至於削價競爭問題，她說，現在利率都已自由化，金管會在意的主要是否影響資產品質及整個市場序秩。其實，根據金管會檢查局公布的信合社110年上半年主要檢查缺失也可看出，全部有3大部分包括防制洗錢、打擊資恐及反武擴作業、法令遵循、授信業務，其中在法令遵循部分，像是內部控制制度修訂未經理事會通過、有利害關係者於審議授信案件時未遵循利益迴避原則、理事會會議紀錄未詳實記載議事內容等情事，還有辦理利害關係人授信條件未優於其他同類授信對象之檢核作業，有欠妥適。
在授信業務部分，金管會發現信合社缺失有辦理土地及建築融資業務，對借戶後續建築工程所需鉅額資金，未覈實評估借戶整體資力能否支應其開發案，以為核貸的參考；辦理購置不動產放款，未建立於貸放後或辦理覆審時，查證內政部不動產交易實價登錄資訊，以確認擔保品鑑價合理性的勾稽制度；辦理非社員授信業務，有未落實法令規定情事，像是辦理非社員自然人以房屋為擔保之放款，擔保品房屋之座落區域非屬信用合作社之法定業務區域及鄰近3縣市的區域；或有對非社員自然人辦理非以房屋為擔保放款。
不過，為擴大落實普惠金融政策，金管會近日也預告「金融機構國內分支機構管理辦法」第三條修正草案，並修正「金融機構分支機構家數待增加地區」的定義，將放寛信合社申設一般分支機構的條件，增加信用合作社於金融服務欠缺地區設立據點的選擇，金管會表示信用合作社為人合組織，以服務社員及地方居民為其設立的宗旨，鑑於其客戶偏好面對面的服務，申設實體據點仍有其必要。
