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三讀條文規定，學校被列為專案輔導後2年內需改善，若屆期未獲免除者，下一學年度停止全部招生，並於停招當學年度停辦。被停招後要重組董事會，專任教職員、學者專家擔任董事並不得少於3/4，其中1/3優先由專任教職員擔任為原則。
專案輔導學校依規定發給教職員工慰助金，項目分別為資遣慰助金、退休慰助金、離職慰助金，若由基金墊付者，每人最高墊付6個月最後在職薪或薪資為限，若有意願繼續工作，能用學校主管機關的媒合機制，其它學校聘任則可獲補助。
先前最具爭議的私校財產歸屬，也確定專案輔導學校停辦2個月後，學校解散清算後，除合併以外，其賸餘財產可捐贈基金、中央機關或公立學校，若條例實施前已停辦的學校，也可依據相關規定辦理。
條例也規定，賸餘財產捐贈基金、中央機關、非當地地方政府所設公立學校，應根據《土地稅法》28條之1規定，於受贈時補繳。另外專案輔導學校出現財務惡化影響營運時，可於2年內申請改制、合併，或改辦教育、文化、社會福利事業，未完成者則停辦。
