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教育部指出，該條例建立專案輔導學校監督機制，包括公開專案輔導學校名單，將3年改善期間縮短為2年，逾期未改善命停招及停辦；專輔期間主管機關加派專任教職員、學生、學者專家擔任董事；全面停招時由主管機關重組董事會。
在維護學生權益方面，主管機關會定期檢核專案輔導學校教學品質；學校停辦時主管機關分發學生至其他學校就讀；因轉學產生的額外費用，由退場基金補助。
在維護教職員工權益部分，則由主管機關建置轉職媒合機制供教職員工運用；發給教職員工資遣、退休、離職慰助金；可申請退場基金墊付停辦前教職員工薪資等費用。
學校解散清算後賸餘財產歸屬地方政府、或捐贈退場基金、中央機關或公立學校；專案輔導學校出現財務惡化影響營運時，可於2年內申請改制、合併，或改辦教育、文化、社會福利事業，未完成者則停辦。
教育部技職司長楊玉惠表示，法案通過後，會盡速籌組審議會，將現行專輔、停招停辦學校提到審議會，做最後確認，就能公開專輔學校名單、針對停招停辦學校進行後續解產清算等處理。
高教工會組織部主任林柏儀表示，法案仍容許問題私校遭專輔2年內，董事會還能挪用校產改制、合併、改辦其他事業，僅將專輔3年改善期間縮短為2年，仍無法杜絕董事會將校產暗度陳倉的可能；法案要求學校先解散清算再捐贈歸公，恐導致校產不完整，未來難以使用，且可能流標或賤賣，導致校產繼續閒置浪費或圖利他人。
全教總對《私校退場條例》表達兩點遺憾，包括未能由行政院層級組成處理小組，將來在退場私校校產的處理恐怕會產生許多問題；仍准予專輔學校轉型、改制、改辦，留了一個脫產的後門，將會是亂象叢生的源頭。
私校工會則認為，《私校退場條例》實施後將比現行制度更加嚴厲並果決處理後段私校，恐將成為後段私校董事的夢靨，若後段私校不加緊腳步恢復辦學品質，或是繼續違法扣減教職員薪資，學校必將被快速淘汱。另外，法案雖加發教職員資遣慰助金，但對保障基本生活仍不足，呼籲教育部比照失業勞工，建立私校教職員失業救濟制度。
教育部次長劉孟奇指出，專輔學校通常都有財務問題，將3年改善期縮短為2年是希望長痛不如短痛，學校越早停招就能越早停辦，讓退場基金墊付即時介入，協助教師拿到積欠薪資、資遣費，以及學生安置等費用；退場基金規模應達50億元，107年編列了25億元，已支出1.1億元，還有23億多，退場條例通過後，明年起可逐年編列、花三年補足至50億元。
劉孟奇說，法案要求學校先解散清算再捐贈歸公，就像民間拋棄繼承的概念，一定要釐清債務狀況，否則將對政府產生極大風險。
