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教育部函文指出，學童接種疫苗作業可採「校園集中接種」及「合約醫療院所接種」模式執行，充分尊重家長選擇，並請學校先行調查校園集中接種意願，提供家長「接種須知及評估暨意願書」，選擇校園集中接種或至合約醫療院所接種，由學校收回並統計人數，視學校前置作業規劃，安排接種時間，可與轄區衛生局協調自今年5月2日起安排校園集中接種，以及提供未在校接種者指定合約醫療院所名單。
教育部強調，莫德納疫苗是國內首次提供滿6至11歲兒童接種，基於兒少接種後可能出現的反應，及多數為輕微的心肌炎或心包膜炎，請學校確實將接種須知提供家長參考，並給予家長至少7天的充分思考時間，以利家長了解國際間青少年接種疫苗的副作用及效益，再評估是否讓子女接種。並提醒，因6到11歲兒童表達及理解能力不及青少年，請於疫苗接種前後，加強衛教宣導說明。
其他接種疫苗配套措施，包括特教學校的校園集中接種服務，建議加派醫療人力，以觀察學生身體狀況；學校須於接種日當日調整課程內容，安排靜態活動，以觀察學生身體狀況，並於疫苗接種後兩周，妥善規劃課程內容，調整教學方式及減少激烈教學活動。
另外，學生若至醫療院所接種疫苗，學校應給予疫苗假，不列入出缺席紀錄，若家長須請假陪同學生至醫療院所接種，可給予防疫照顧假。
而學生接種疫苗後，當日起若有不良反應，得申請疫苗假，不列入出缺席紀錄，並以3天為原則（含接種當日），必要時得延長。學生請疫苗假時，班級導師要確認家中是否有人陪伴及照顧，家長若有照顧學生需求，其中一人得申請防疫照顧假。
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