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彭純芝表示，在新冠肺炎變異株Omicron傳播下，與成人相比，兒童感染率並未如成人高，且感染也多為輕症，因此許多人會思考讓兒童接種疫苗是否真的利大於弊。但她強調，「絕對是利大於弊的」，接種疫苗除兒童本身可降低兩倍的住院風險，還可保護家人與其它族群，未來若是染疫，也可降低長期重症、症狀影響，因此就整體大效果比較起來，各國都認為接種疫苗利大於弊。
彭純芝建議，若兒童本身就有健康問題、存有慢性疾病或有重大疾病，會更需要疫苗的保護，她也透露，近期看到本來有疾病者確診後就變得愈加嚴重，因此建議還是要盡早施打。
不過彭純芝也提醒，施打疫苗應考量兒童本身狀況，若兒童屬特殊體質，或過去對部分藥物有特殊反應，應先與醫師商議是否應接種疫苗，如果無急性疾病，有意願者都可施打。
至於BNT與莫德納該如何選擇，彭純芝解釋，兩款疫苗的臨床試驗都具有保護力、有效性與安全性，疫苗的劑量絕非依照兒童體重輕重就使用不同劑量，而是固定劑型適用於固定年齡層的多數兒童，「所以就我們的觀點來說，這兩個廠牌其實沒有絕對的優劣，都是具有它的安全性跟效力的」。
今首批檢驗用兒童輝瑞BNT疫苗2000劑已運抵台灣，針對是否該等輝瑞BNT兒童疫苗進口再打，彭純芝認為，若有施打意願就應盡早施打，民眾可以考慮疫情走向、疫情高峰、成人與兒童保護力等條件，若有意願打疫苗，早打會比晚打好，「那當然如果你有一些疑慮，或者無法做決定，我們也不會去勉強任何人的施打」。
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