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現階段全台疫情都在持續升溫時，柯文哲仍舊持續為台北市的防疫策略找出路。因應確診數激增，恐怕又加重疫調人員工作量，北市府也率先增設「確診自主回報系統」，讓民眾先行在網路上填寫相關疫調資料，降低工作人員的作業時間。
而在一週後，中央防疫指揮中心也隨即推出類似系統，不過卻因為連接的健保與法定傳染病系統資料較舊，而讓民眾抱怨收不到相關通知，甚至有台北市的民眾與基層民代，希望北市府能與中央脫鉤，使用自己的系統進行疫調。
至於為了在確診數劇增的當下，能夠有效保留醫療量能給需要的人，而推出「篩檢車來速」與「防疫急門診」兩項新的檢疫措施，還被民進黨台北市議員王世堅盛讚「做得好」，甚至希望中央也一同跟進。
不過疫情期間，柯文哲打的口水仗也不在少數。除了在北市防疫記者會上，直言媒體人周玉蔻與「塔綠班」是防疫最大的困難，引發社會各界討論外，時不時也批評中央政府與防疫指揮官陳時中。不過最近一次令人印象深刻的，莫過於提出北市「軟性封城」。
柯文哲上週在防疫記者會上，指出弱勢北市醫療量能被拖垮，恐怕將會進行「軟性封城」，而軟性封城就等同於去年「三級警戒」。然而此番說法一出也引發社會各界恐慌，畢竟當時三級警戒可以說是民生凋敝、百工蕭條。不過再隔一天，柯文哲被追問「軟性封城」是否有配套措施時，則數度顧左右而言他，也被議員怒批「沒SOP就閉嘴！」
不可諱言，柯文哲在擔任台北市長的這七年多來，一直都是媒體焦點之一，被外界拿放大鏡檢視也可以說是在所難免。而在疫情期間，柯文哲若是能秉持「少說話、多做事」的態度，要為自己加分是相當容易的事情。若柯文哲仍意在劍指2024總統大選，在台北市長任期最後漂亮收官，恐怕是現階段最重要的先決條件。
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