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青民協指出，九宮格範圍內學生未必風險最高，學生會在下課時間、體育課、跑班選修時，四處移動，該防疫措施並不實際；實施防疫假學生，是否有其他學習方式，擔憂學習權益受損；對於非匡列範圍內的學生，請防疫假應從寬認定，教育部也應與學校說明請假標準與程序。
全教總表示，要同時兼顧請假學生與實體上課學生學習權，而進行混成教學，根本是「不可能的任務」，學習效果恐不佳，呼籲教育部相關設備、人事成本等補助應到位。
教育部回應，教育部自5月8日起配合指揮中心防疫措施，以「確診個案」為核心，針對校園實施授課方式進行調整，國高中階段學生因已有較完整的疫苗覆蓋率，因此取消全班性暫停實體課程方式，規劃以確診個案長時間相處的鄰近九宮格同學進行匡列，實施3天「防疫假」停止到校 。
至於九宮格外的學生，教育部會再次請學校提醒學生，於上課期間、課間與休息時間，仍需持續佩戴口罩，落實個人防疫措施以降低風險；若學生與確診者有密切接觸，家長有相關疑慮，可基於防疫目的向學校請假，學校應從寬認定，天數不限，不納入學生個人出缺勤紀錄，亦不會因此扣減其學業成績評量。相關請假規定，教育部會於明（10）日行文向地方政府與學校再次說明。
因應請防疫假學生的學習需求，教育部說，教師得採多元、彈性方式指導學生學習，包括同步提供實體課程的視訊、錄製課堂教學影片、提供課堂教材或學習單供學生學習，或於學生恢復到校上課後，視實際需要，實施學習扶助課程，所需教師鐘點費，由學校預算支應或向主管機關申請補助，再有不足時，能向國教署申請補助。
教育部指出，若學校因確診及居家隔離人數急遽增加，造成學校在課務運作上發生困難，學校可考量其行政、課務與防疫的運作量能，申請全班或全校停課，並通報主管機關備查，新制仍保留彈性。
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