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不過，立法院2020年7月三讀通過《農田水利法》，將17個農田水利會納入農委會水利署下的17個管理處，其資產及負債依法由國家概括承受。
聲請人桃園農田水利會直選會長黃金春說，組織的設備及土地都是農民自己出資建設，政府沒有出過一毛錢，以前是「內行領導內行」，知道水源能灌溉到哪裡，當地有多少田，需要多少水量，但組織改造成公務機關後，成「外行領導內行」，而且「官僚」，連水怎麼分配都不知道，還想隨意擴大。
38名在野黨立委認為，《農田水利法》部分條文違反法律明確性原則、法律保留原則、《憲法》第14、15、23條及《憲法增修條文》第3條第3項、第4項規定疑義，去年3月聲請解釋。
聲請立委主張，農田水利會在法制上被稱為公法人，但財產組成中私有財產的性質從未改變，執政黨要改制的理由，如同民進黨團總召柯建銘「誠實告白」，為了「消滅地方派系」，讓農業用水公共化，直白點就是要讓親國民黨的地方派系沒有資源自動瓦解，也讓工業財團金主可更方便、更便宜調撥農業用水；把17個水利會、155萬農民的會員權利消滅、數兆以上財產、水權、灌溉水利設施全部收歸國家，「比共產黨還共產黨」。
農委會主張，農田水利會面對社會或地理環境變遷、當代嚴峻氣候挑戰、國人對於食安的期待、水資源公平有效利用，因水利會內財政與會務長年遺留的問題、治理障礙、公權力任務與性格衰退與質變等各項因素，已不能有效發揮功能，故轉型為公務機關，是基於憲法風險控管、保護義務刻不容緩的首要任務，有改制正當性、必要性、急迫性，也沒有違反財產權保障及比例原則。
行政院主張，農田水利會原作為協助履行國家任務的公法人，屬「功能自治」概念，既不受憲法地方自治保障，也無「制度性保障」適用；農田水利會既非憲法本身的創設，更不是源自人民基本權利的制度，與憲法關聯性低，改制基礎、方式及過程均無違憲。
大法官黃虹霞質疑，改制怎麼妨害了灌溉權？前台南縣長蘇煥智表示，農田水利會是為「顧農民的肚子」而存在，賦予公權力可照顧更多農民，在官民合作基礎下，具有公法人與民間法人雙重地位的特性。蘇說，農田水利是「BOO」案，日治時期當時出錢的是農民，若喪失會員資格，就無法有效監督，影響生存權、工作權。
