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不過現階段權利金分潤爭議解除後，最大的難關在於內政部。台北市長柯文哲在今年3月時，曾重砲批評內政部「刁難」大巨蛋，原因在於內政部營建署對於防火避難層爭議，歷經長達近一年的公文作業，至今未有任何進展。也因此即使其他與審查無關的施工區域完工，只要內政部遲遲不通過審查，大巨蛋距離完工遙遙無期。
局處人士直言，卡在內政部營建署的第四次變更設計，以及消防署的煙控模擬審查，其實可以個別獨立通過，可是現階段內政部卻全部包在一起，似乎就是想刻意再拖延審查期程。「如果第四次變更設計，營建署先行通過，遠雄就可以再遞案給都發局申請建照，並繼續進行相關工程。」該局處人士說，現階段全部包在一起，等於是整個施工期程又再度向後延遲。
2020年8月北市府都發局同意大巨蛋復工後，曾經預測2021年底完工，並於今年六月拿到使用執照並進行試營運。不過如今卻因為內政部審查速度緩慢，導致工期持續延宕。現在不僅試營運遙遙無期，就連完工日恐怕也無法預估。
對於遠雄來說，大巨蛋越快能夠開始營運，回收成本的時間也越短；而對於柯文哲來說，雖然頻頻對外表示「大巨蛋是收拾爛攤子不是政績」，但顯而易見，柯文哲頻頻將「努力解決歷史共業」作為口號，大巨蛋若是能在任期內解套，無疑也是相當重要的成績。如今的最後一哩路卻卡在內政部而無法繼續前進，恐怕對於柯文哲與遠雄來說，等於是如鯁在喉。
