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而早在40年前就有台大、陽明、成功、長庚和高醫5所學校，仿照美國制度相繼開設後醫系，以培育人才投入偏遠地區或基礎醫學研究，但學生適應不良、校方無法選到真正想去偏鄉服務或願意從事基礎研究的學生等，在5年內陸續停招，僅剩高雄醫學大學後醫系延續至今。
陽明大學於1982年成立後醫系，是我國最早成立的，但也最早急流勇退。陽明交大醫學院長陳震寰指出，當時想透過後醫系找尋跨域人才，結合醫學與工程、做科學研究等，培養稀有人才，但當時學校資源有限，讓這批學生與傳統醫學系學生共同上課，結果後醫系學生成績不如醫學系學生，在學習上產生很大挫折，再加上後醫系學生畢業後多半選擇當開業醫師，而非從事科學研究或結合工程去創業，學生動機、學校沒有提供跨域課程等，都不符合當初設立後醫系的目標，便停招了。
高醫大醫學系教授蔡淳娟團隊曾發表研究指出，當初後醫系希望培育人才投入偏遠地區或基礎醫學研究，卻事與願違，發現學生適應不良，後醫生基礎醫學成績不如傳統醫學生，以及無法選到真正想去偏鄉服務、或從事基礎研究的學生；當時的後醫生，很多是沒考上醫學系，只好先讀別的科系，畢業後再進入醫學系，想趕快畢業、當開業醫師賺錢。研究還提到，當時的教學與課程設計缺乏配套也是後醫系失敗原因，「只要後醫系學制和傳統醫學系學制同時存在，便會重蹈覆徹」，並建議應建立健全的招生制度，才能挑到適合習醫的學生。
前衛生署（現衛福部）在1999年，針對大學醫學系招生總額，訂定每年1300名上限，至今仍無增減，由國內13所設有醫學系的大學分配，各校想新設醫學系卻苦無名額，但衛福部因應高齡化及偏鄉醫療需求，近年同意開放公費生名額，從每年100名增至150名，擴大照顧偏鄉及離島，引發各校搶設醫學系，最後衛福部將69個名額，平均分給清華大學、中興大學和中山大學3間學校，因此新設的後醫系都是公費生，畢業受訓後得去偏鄉服務6年，再返回醫學中心進修2年。
對此，中華民國醫師公會全聯會表示，台灣醫師人力，無論是衛福部研究計畫或相關統計，均呈現人員充足，「不患寡而患不均」，醫師人數不斷增加、增設醫院，可能帶來不必要的醫療，對於國家整體絕對不是好事；新設後醫系名額來自「衛生福利部第二期重點科別公費醫師培育計畫」，是短期、階段性的人力增額計畫，僅到114年，代表這些學校將來恐陷入無法續招的困境；增設醫學系非單純人力增加，將直接衝擊醫療資源是否合理分配，也會衍生附設醫院籌設與醫療軍備競賽等問題，嚴重影響人民醫療權益。
台灣醫學生聯合會指出，醫學教育品質深受師資數量多寡的影響，但目前台灣醫學系在師資上仍十分缺乏，在人力不足情況下，貿然增設醫學系，將使現有師資揹負更大的壓力，同時降低醫學教育品質；此外「臨床技能課程」需大量臨床教師、標準病人、醫院設備等資源配合，新設立醫學系為確保合作醫院在不影響原有醫療服務及既有臨床醫學教育的前提，提供醫學生充足的學習機會，應有相應的配套措施。多位醫生也投書媒體質疑，倉促成軍的後醫系，均沒有教學醫院，如何找到有人文素養、具診察問診老練經驗、願意耐心傾聽的師資？
